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标题: 关于金属蛋白力场选择及参数设置问题的求助 [打印本页]

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-10 22:00
标题: 关于金属蛋白力场选择及参数设置问题的求助
我之前使用Gromacs做金属蛋白动力学模拟时，选择的力场是Gromos54a7,出现了如图所示的问题。有人建议我使用Amber力场，但也会出现“Residue ZN165 has type 'Ion', assuming it is not linked into a chain”的问题，我的金属Zn主要位于活性位点区域，有文献说对它进行距离限制，添加参数防止金属飞出活性区域。请问这该如何添加参数，对它进行限制，看了好多帖子，好迷茫。

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-10 22:18
这个是金属酶的pdb结构，我不知道生成拓扑文件时需要怎样添加参数才能识别金属，防止它后期做动力学的时候不会跑飞，求大神们解答，谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-11 08:05
gmx的54A7的rtp里Zn是ZN2+，因此你得把pdb里Zn的残基名也改成ZN2+才能被pdb2gmx识别
如果模拟过程中，Zn光靠静电作用没法稳定呆住，需要再去加距离限制之类的

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-11 11:17

sobereva 发表于 2020-9-11 08:05
gmx的54A7的rtp里Zn是ZN2+，因此你得把pdb里Zn的残基名也改成ZN2+才能被pdb2gmx识别
如果模拟过程中，Zn光 ...

sob老师，我直接在pdb文件中将Zn+改成这样，然后重新生成top文件会出现这样的warning，是我没改对，还是需要我再加距离限制将它们固定在相应的位置。这个距离设置是要参考Gromacs的Distance Restraints系列么？

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-11 11:19

琦锅锅发表于 2020-9-11 11:17
sob老师，我直接在pdb文件中将Zn+改成这样，然后重新生成top文件会出现这样的warning，是我没改对，还是 ...

如果我直接用Discoverystudio生成的pdb文件，里面有价态，也不能生成拓扑。不知道应该改哪个位置才行

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-12 05:01

琦锅锅发表于 2020-9-11 11:17
sob老师，我直接在pdb文件中将Zn+改成这样，然后重新生成top文件会出现这样的warning，是我没改对，还是 ...

明显列都错位了
pdb文件是固定格式

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-12 22:39

sobereva 发表于 2020-9-12 05:01
明显列都错位了
pdb文件是固定格式

嗯额，好的，我重新弄一下试试，谢谢

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-13 21:09

sobereva 发表于 2020-9-12 05:01
明显列都错位了
pdb文件是固定格式

sob老师。请问一下图中出现的“Residue Zn165 has type ‘Ion’，assuming it is not linked into a chain”，一般应该如何处理？提示中说可能需要修改residuetypes.dat，第二幅图是residuetypes.dat后面关于一些离子的截图，我不知道该怎么修改。还是说直接可以忽略这些提示，直接往下面做？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-14 06:37

琦锅锅发表于 2020-9-13 21:09
sob老师。请问一下图中出现的“Residue Zn165 has type ‘Ion’，assuming it is not linked into a chai ...

如果pdb2gmx成功产生了该有的文件，就不用管这个提示

远程这种事情说起来半天也说不清楚。
在我来看最优雅的处理这种不涉及化学键的金属离子方式，是在pdb里先把离子都删掉，用pdb2gmx产生蛋白的拓扑文件和gro文件后，自行再把离子的信息复制到蛋白的gro后头，并且在[moleculetype]里以恰当顺序写上相应的离子数目。这相当于把离子当成了普通配体分子看待，而离子的[moleculetype]在ions.itp里本身就有。

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-14 09:21

sobereva 发表于 2020-9-14 06:37
如果pdb2gmx成功产生了该有的文件，就不用管这个提示

远程这种事情说起来半天也说不清楚。

好的，我明白了，非常感谢sob老师耐心解答

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