计算化学公社

标题: 过渡态只有一个虚频，还需要优化吗？ [打印本页]

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2020-9-12 14:59
标题: 过渡态只有一个虚频，还需要优化吗？
用CINEB方法算过渡态，并没有收敛，把其中最像过渡态的一个点算了一下频率，只有一个虚频，那这就是过渡态吗，还是说必须对过渡态结构进行优化直至收敛并且此时只有一个虚频才是过渡态？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-9-12 15:03
这只能作为参考看看而已，不能作为最终结果。必须要经过过渡态结构优化这一过程，因为正常收敛后力才是零，频率才有意义。

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2020-9-12 15:06

zjxitcc 发表于 2020-9-12 15:03
这只能作为参考看看而已，不能作为最终结果。必须要经过过渡态结构优化这一过程，因为正常收敛后力才是 ...

好的，非常感谢

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2020-9-12 15:27

zjxitcc 发表于 2020-9-12 15:03
这只能作为参考看看而已，不能作为最终结果。必须要经过过渡态结构优化这一过程，因为正常收敛后力才是 ...

在麻烦您一下，请问过渡态的优化步长设的大一些还是小一些比较合适

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-9-12 15:29

我是大帅逼发表于 2020-9-12 15:27
在麻烦您一下，请问过渡态的优化步长设的大一些还是小一些比较合适

这没有什么特别的讲究，用默认值就行。

作者
Author: granvia 时间: 2020-9-12 19:19
验证二阶导数并不能确证一阶导数全为零

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-12 22:26
建议多看看sob老师的博客，如果你看到过就不会有这样的疑问

怎么验证过渡态找没找对？如果优化出来的过渡态结构在期望的反应物和产物之间，同时有且只有一个虚频，一般能有6成把握认为过渡态找对了。如果通过gview查看，发现仅有的那个虚频的振动方向对应反应坐标方向，那8成可以认为过渡态找对了；如果走IRC还能连通自己期望的反应物和产物结构，那么说明100%找对了。

——摘自《简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3》（http://sobereva.com/460）

走IRC的相关信息看《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》（http://sobereva.com/400）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-13 04:04
过渡态附近的二次区域内的所有结构都像TS一样有且只有一个虚频。必须受力也很小，才能作为TS

作者
Author: 石禹龙 时间: 2020-9-13 14:16
如果优化过程是震荡的，可以减少步长试试。

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2020-9-15 10:52

DoubeeTwT 发表于 2020-9-12 22:26
建议多看看sob老师的博客，如果你看到过就不会有这样的疑问

怎么验证过渡态找没找对？如果优化出来的过 ...

好的，谢谢
但vasp的结果好像不能通过高斯IRC验证，或者我不知道怎么弄

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2020-9-15 10:56

石禹龙发表于 2020-9-13 14:16
如果优化过程是震荡的，可以减少步长试试。

嗯嗯，我试试
请问你有没有遇到过NEB算完，结构挺像过渡态的，但一优化结构就变得一点都不像过渡态，
算一下频率进行验证，直接NEB 的有一个虚频，但是优化后的反而有好几个虚频
针对这样的问题请问你有没有什么经验或者方法进行改善呢

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2020-9-15 10:57

sobereva 发表于 2020-9-13 04:04
过渡态附近的二次区域内的所有结构都像TS一样有且只有一个虚频。必须受力也很小，才能作为TS

啊！！！！！！！！！！
感谢大神回复

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-9-15 12:33

我是大帅逼发表于 2020-9-15 10:52
好的，谢谢
但vasp的结果好像不能通过高斯IRC验证，或者我不知道怎么弄

NEB结果可以代替IRC结果

作者
Author: wuyulele 时间: 2020-12-28 17:21

我是大帅逼发表于 2020-9-15 10:56
嗯嗯，我试试
请问你有没有遇到过NEB算完，结构挺像过渡态的，但一优化结构就变得一点都不像过渡态，
...

是的，我也碰到这种情况了，请问你后来如何解决的呢？

作者
Author: 多次拒绝斯佳丽 时间: 2020-12-30 20:37

wuyulele 发表于 2020-12-28 17:21
是的，我也碰到这种情况了，请问你后来如何解决的呢？

请问您解决了吗？需不需要把所谓过渡态结构拿出来优化后再进行虚频计算呀？谢谢

作者
Author: wuyulele 时间: 2020-12-31 00:12

多次拒绝斯佳丽发表于 2020-12-30 20:37
请问您解决了吗？需不需要把所谓过渡态结构拿出来优化后再进行虚频计算呀？谢谢

我也没有解决呢。。

作者
Author: 多次拒绝斯佳丽 时间: 2020-12-31 09:07

wuyulele 发表于 2020-12-31 00:12
我也没有解决呢。。

好难啊难受

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2021-1-11 13:22

我是大帅逼发表于 2020-9-15 10:56
嗯嗯，我试试
请问你有没有遇到过NEB算完，结构挺像过渡态的，但一优化结构就变得一点都不像过渡态，
...

过渡态任务（NEB或dimer）和结构优化任务是不一样的，NEB（或dimer）收敛的结果才可能是过渡态，不能中途去加个结构优化

作者
Author: 朱陈 时间: 2021-1-19 19:13
你做了freq分析之后，把这个结构拿出来，继续用dimer方法找过渡态。

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2021-3-6 16:53

多次拒绝斯佳丽发表于 2020-12-30 20:37
请问您解决了吗？需不需要把所谓过渡态结构拿出来优化后再进行虚频计算呀？谢谢

我是都优化了的

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2021-3-6 16:54

wuyulele 发表于 2020-12-28 17:21
是的，我也碰到这种情况了，请问你后来如何解决的呢？

我是先优化，不行的话就用dimer

作者
Author: wuyulele 时间: 2021-3-9 10:14

我是大帅逼发表于 2021-3-6 16:54
我是先优化，不行的话就用dimer

好的谢谢~

作者
Author: yss 时间: 2023-1-9 18:35

多次拒绝斯佳丽发表于 2020-12-30 20:37
请问您解决了吗？需不需要把所谓过渡态结构拿出来优化后再进行虚频计算呀？谢谢

问一下不优化找到一个虚频还要优化吗？请问您当时怎么解决的呢？

作者
Author: yss 时间: 2023-1-9 18:47

wuyulele 发表于 2020-12-28 17:21
是的，我也碰到这种情况了，请问你后来如何解决的呢？

问一下不优化找到一个虚频还要优化吗？请问您当时怎么解决的呢？

作者
Author: yss 时间: 2023-1-9 18:49
我想问一下过渡态需要优化在算频率吗请问您当时怎么解决的

作者
Author: yss 时间: 2023-1-9 20:37

zjxitcc 发表于 2020-9-12 15:03
这只能作为参考看看而已，不能作为最终结果。必须要经过过渡态结构优化这一过程，因为正常收敛后力才是 ...

这样要不要把过渡态单拎出来做构型优化了还是直接做频率计算？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-1-9 21:12
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-1-9 21:13 编辑

yss 发表于 2023-1-9 20:37
这样要不要把过渡态单拎出来做构型优化了还是直接做频率计算？

没必要在一个帖子里重复4次问几乎一样的问题。

这里面存在着一些容易混淆的地方，需要先说清一下，以Gaussian程序为例，一般说“优化”指的是优化得到极小点几何结构，关键词最少要包含opt；一般说“优化过渡态”指的是优化得到一阶鞍点几何结构，关键词最少要包含opt=ts。

所以我不知道你说的“构型优化”究竟是什么意思，“单拎出来”也令人费解。我只能用标准回答：要先优化过渡态（即寻找过渡态结构），保证过渡态结构的力为零，然后做频率分析，看是否有且仅有一个虚频。如果力不为零就直接去做频率计算，即使有且仅有一个虚频，也不能说是过渡态。

作者
Author: JCenter 时间: 2023-4-15 00:09

sobereva 发表于 2020-9-13 04:04
过渡态附近的二次区域内的所有结构都像TS一样有且只有一个虚频。必须受力也很小，才能作为TS

老师，想请教您一个问题：过渡态的虚频值是固定不变的吗，还是说一个温度会对应一个虚频值，普通的freq任务应该是默认298.15k下进行振动分析的。如果虚频值是与温度一一对应的，那用于计算反应速率常数k的excel中透射系数计算所需要的虚频值是要在自己的体系温度下进行振动分析任务，才能得到相应的虚频值吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-15 00:38

JCenter 发表于 2023-4-15 00:09
老师，想请教您一个问题：过渡态的虚频值是固定不变的吗，还是说一个温度会对应一个虚频值，普通的freq任 ...

频率与温度无关
温度只影响不同振动态的分布比例（Boltzmann分布关系）

作者
Author: JCenter 时间: 2023-4-15 09:48

sobereva 发表于 2023-4-15 00:38
频率与温度无关
温度只影响不同振动态的分布比例（Boltzmann分布关系）

好的，学生明白了，谢谢老师！

作者
Author: Jackchem 时间: 2023-4-21 18:41

我是大帅逼发表于 2020-9-15 10:56
嗯嗯，我试试
请问你有没有遇到过NEB算完，结构挺像过渡态的，但一优化结构就变得一点都不像过渡态，
...

从NEB途径中选取的构型本身就可能不是势能面上的极值点，优化过后肯定不像过渡态啦。其次过渡态不能优化，它会荡到附近的极小值点。

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