计算化学公社

标题: 求助：约束水分子位置 [打印本页]

作者
Author: jeamore 时间: 2020-9-12 18:24
标题: 求助：约束水分子位置
导师让做一个将蛋白从真空拉入水中再拉出来的动力学，但是在实际的过程中蛋白浸入水中之后，水层就整体和蛋白一起向前运动，请问是否有在一个方向上限制水位置的办法？
视频是这个过程，我运行时的mdp文件如下
define =
integrator = md
dt       = 0.002
nsteps    = 500000
comm-grps  = protein
comm-mode  = angular
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 5000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2 0.2
tc_grps = protein non-protein
ref_t = 298.15 298.15
;
Pcoupl    = no
pcoupltype = pcoupltype
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
pull                = yes
pull-ngroups       = 1
pull-group1-name    = Protein
pull-ncoords       = 1

pull-coord1-type    = constraint
pull-coord1-geometry = direction-periodic
pull-coord1-init    = 3
pull_coord1_k       = 600
pull-coord1-groups = 0 1
pull-coord1-rate    = 0.02
pull-coord1-vec    = 1 0 0
pull-coord1-dim    = Y N N

freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-13 04:02
mdp里用define = -DPOSRES_WATER，并且把拓扑文件里水的限制势的平行于界面方向的限制势力常数都设为0，使得限制势只在垂直于界面方向生效。

作者
Author: jeamore 时间: 2020-9-13 10:10

sobereva 发表于 2020-9-13 04:02
mdp里用define = -DPOSRES_WATER，并且把拓扑文件里水的限制势的平行于界面方向的限制势力常数都设为0，使 ...

顺利解决，感谢sob老师

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-9-15 11:44
正常一点的方法是用PLUMED然后把CV设成水层和蛋白的质心距离……

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