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标题: 求助：amber文件转成psf文件 [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-12 21:17
标题: 求助：amber文件转成psf文件
请问psf文件对应amber的什么文件？是pdb还是prmtop？现在用amber跑的md没有这个文件，分析时要用到，用什么文件通过什么程序转换一下？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-9-12 21:59
没法一一对应，psf储存了分子的连接方式和电荷

NAMD可以读取prmtop(ff19sb除外)，没有转换的必要

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py，搜手册

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-13 19:42

sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py，搜手册

谢谢sob老师，转成功了！

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-22 20:53
本帖最后由 hyr95 于 2020-9-22 20:57 编辑

sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py，搜手册

sob老师，为什么我转换完放进vmd dynamics network analysis里不能分析呢？D:\1.jpg

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-30 10:11

sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py，搜手册

是转的psf文件不能使用吗？psf文件是对应amber中的什么文件？是*.prmtop吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-30 19:21

hyr95 发表于 2020-9-30 10:11
是转的psf文件不能使用吗？psf文件是对应amber中的什么文件？是*.prmtop吗？

我不用NAMD，那个脚本我没实际用过。有具体问题可以尝试在amber邮件列表里问
psf包含拓扑关系信息和电荷

作者
Author: hyr95 时间: 2020-10-4 15:46

sobereva 发表于 2020-9-30 19:21
我不用NAMD，那个脚本我没实际用过。有具体问题可以尝试在amber邮件列表里问
psf包含拓扑关系信息和电荷

谢谢sob老师

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