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标题: 长链脂肪酸优化不收敛 [打印本页]

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-13 10:34
标题: 长链脂肪酸优化不收敛
Sob老师，我在尝试过int=ultrafine、SCF=NoVarAcc、SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12、SCF=XQC、SCF=QC SCF=Vshift=300、SCF=Fermi 之后还是不收敛
输入信息
%mem=4000MB
%nprocshared=6
#p b3lyp/6-31+g(d) opt=tight  freq int=ultrafine geom=connectivity

Title Card Required

-1 2

输出信息
Cycle 127  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  6.12D-10 CP:  1.00D+00  4.70D-05  1.78D+00 -3.11D-01  1.34D+00
                  CP:  1.44D-02
E= -935.952739790702    Delta-E=       0.006073984388 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 3.58D-02 at cycle 127 NSaved=  20.
NSaved=20 IEnMin= 1 EnMin= -936.446305629932    IErMin= 1 ErrMin= 1.60D-02
ErrMax= 3.58D-02  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.16D+00 BMatP= 8.44D-01
IDIUse=2 WtCom= 0.00D+00 WtEn= 1.00D+00
Coeff-En: 0.502D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.196D+00 0.130D+00 0.141D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.315D-01
Coeff:    0.502D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.196D+00 0.130D+00 0.141D+00
Coeff:    0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff:    0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff:    0.000D+00 0.315D-01
Gap=    0.236 Goal= None Shift= 0.000
Gap=    0.239 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=1.86D-03 MaxDP=9.58D-02 DE= 6.07D-03 OVMax= 8.13D-03

Cycle 128  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  8.18D-09 CP:  1.00D+00  1.00D+00 -9.54D-01  3.00D+00  3.00D+00
                  CP:  1.68D+00  3.00D+00
E= -935.958813925482    Delta-E=    -0.006074134781 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 3.58D-02 at cycle 128 NSaved=  20.
NSaved=20 IEnMin= 1 EnMin= -936.446305629932    IErMin= 1 ErrMin= 1.60D-02
ErrMax= 3.58D-02  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.14D+00 BMatP= 8.44D-01
IDIUse=2 WtCom= 0.00D+00 WtEn= 1.00D+00
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
Coeff-En: 0.502D+00 0.000D+00 0.497D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.130D-02
Coeff:    0.502D+00 0.000D+00 0.497D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff:    0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff:    0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff:    0.000D+00 0.130D-02
Gap=    0.233 Goal= None Shift= 0.000
Gap=    0.237 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=1.86D-03 MaxDP=9.58D-02 DE=-6.07D-03 OVMax= 5.96D-03

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -935.958813925    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.19D-02    -V/T= 2.0035
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7510 S= 0.5005
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 9.326675769758D+02 PE=-5.305785533323D+03 EE= 1.880342144656D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    0.7510, after    0.7500
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public/home/users/sues001/g09/l502.exe at Sat Sep 12 22:37:10 2020.
Job cpu time:    0 days  4 hours  9 minutes  3.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 233 Int=    0 D2E=    0 Chk=    7 Scr=    1
  老师，输出信息不是很理解这表示的是能量有减小的趋势吗  我还应该增加哪些关键词才会有帮助呢感谢老师跪求指点

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-9-13 10:44
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-13 10:49

冰释之川发表于 2020-9-13 10:44
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

感谢老师这个方法我看到了也尝试了一些量化新手对输出信息不是很了解能麻烦老师看一下我的输出文件中是有能量减少的趋势吗

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-9-13 10:56
不要重复发帖。

你是opt的第一圈就SCF不收敛，还是优化若干圈之后才SCF不收敛的？

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-13 11:06

hebrewsnabla 发表于 2020-9-13 10:56
不要重复发帖。

你是opt的第一圈就SCF不收敛，还是优化若干圈之后才SCF不收敛的？

好的老师我下次一定注意从第一圈开始就没有SCF（Done）应该是第一圈就没收敛
输出信息
Cycle 1  Pass 1  IDiag  1:
FoFJK:  IHMeth= 1 ICntrl=    0 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent= 0 FoldK=F
IRaf= 690000000 NMat= 1 IRICut=    1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0.
FoFCou: FMM=T IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=       2001
      NFxFlg=          0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
      wScrn=  0.000000 ICntrl=    0 IOpCl=  1 I1Cent=          0 NGrid=          0
      NMat0= 1 NMatS0=    1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC: 9
E= -935.675188807761
DIIS: error= 4.08D-02 at cycle 1 NSaved= 1.
NSaved= 1 IEnMin= 1 EnMin= -935.675188807761    IErMin= 1 ErrMin= 4.08D-02
ErrMax= 4.08D-02  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 3.57D+00 BMatP= 3.57D+00
IDIUse=3 WtCom= 5.92D-01 WtEn= 4.08D-01
Coeff-Com:  0.100D+01
Coeff-En: 0.100D+01
Coeff:    0.100D+01
Gap= -0.123 Goal= None Shift= 0.000
Gap=    0.198 Goal= None Shift= 0.000
GapD= -0.123 DampG=0.250 DampE=0.500 DampFc=0.2500 IDamp=-1.
Damping current iteration by 2.50D-01
RMSDP=7.43D+00 MaxDP=7.71D+02             OVMax= 9.95D-01
老师这样的情况有什么办法吗感谢老师

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-9-13 11:14

chanyeolhgh 发表于 2020-9-13 11:06
好的老师我下次一定注意从第一圈开始就没有SCF（Done）应该是第一圈就没收敛
输出信息
Cycle 1 ...

你说你尝试了这些关键词，但是贴出的输入文件中并没有体现。到底有没有使用，使用这些关键词之后到底有没有效果（结果离收敛更近）呢？

有效果的话可以多管齐下。

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-13 11:30

hebrewsnabla 发表于 2020-9-13 11:14
你说你尝试了这些关键词，但是贴出的输入文件中并没有体现。到底有没有使用，使用这些关键词之后到底有没 ...

不好意思老师是我的问题这次贴出来的只用了int=ultrafine 但之前尝试过很多关键词结果都是502错误老师具体怎么看离收敛更近呢（老师别生气小的问的问题太低级了但真心的不太懂）跪求老师指点

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-9-13 12:28

chanyeolhgh 发表于 2020-9-13 11:30
不好意思老师是我的问题这次贴出来的只用了int=ultrafine 但之前尝试过很多关键词结果都是502错误老 ...

RMSDP=1.86D-03 MaxDP=9.58D-02 DE=-6.07D-03 OVMax= 5.96D-03

复制代码

这一行，看RMSDP,MaxDP,DE是否接近收敛标准。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-9-13 12:59

hebrewsnabla 发表于 2020-9-13 12:28
这一行，看RMSDP,MaxDP,DE是否接近收敛标准。

离收敛限很远

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-13 13:48

冰释之川发表于 2020-9-13 12:59
离收敛限很远

老师您说的收敛限是指最大受力、均方根受力、最大位移和均方根位移吗就是下面的这个吗
Maximum Force          0.000001    0.000015    YES
RMS    Force          0.000000    0.000010    YES
Maximum Displacement    0.000030    0.000060    YES
RMS    Displacement    0.000007    0.000040    YES
还是RMSDP、MAXDP、DE的值有规定的收敛标准呢？那具体的收敛标准的值是多少呢或者我应该在哪里看呢感谢老师赐教

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-9-13 13:52

chanyeolhgh 发表于 2020-9-13 13:48
老师您说的收敛限是指最大受力、均方根受力、最大位移和均方根位移吗就是下面的这个吗
Maximum Force ...

Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Fock matrices will be formed incrementally for 20 cycles.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-9-13 15:34

chanyeolhgh 发表于 2020-9-13 13:48
老师您说的收敛限是指最大受力、均方根受力、最大位移和均方根位移吗就是下面的这个吗
Maximum Force ...

不要混淆 SCF是否收敛和几何优化是否收敛，这是两个概念

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-14 06:12
本来这种柔性体系优化就相对来说不容易收敛，还写tight完全是自找麻烦。

直接把优化任务的输出文件压缩后上传，什么情况别人一看就清楚了，省得你描述不清楚，别人猜来猜去也猜不中你的真实情况，白讨论半天。

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-14 13:02

sobereva 发表于 2020-9-14 06:12
本来这种柔性体系优化就相对来说不容易收敛，还写tight完全是自找麻烦。

直接把优化任务的输出文件压缩 ...

感谢Sob老师给答疑的老师们带来不便深感抱歉下次一定注意但老师如果不写tight的话那关键词int=ultrafine还可以用吗对其他解决SCF不收敛的关键词的添加有影响吗我在优化后出现了虚频按照Sob老师优化解决虚频的帖子上的方法 gview虚频模式下微调结构（调了0.01）或加入opt=calcall 第一种微调后还是有虚频第二种直接不收敛出现502错误请问老师该怎么解决呢都是要把tight去掉吗
第一种输入文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 47)
输出文件 (, 下载次数 Times of downloads: 3)
第二种输入文件
(, 下载次数 Times of downloads: 48)
输出文件attach://28417.7z
麻烦老师了跪求老师的耐心指导

作者
Author: ldatea 时间: 2020-9-14 14:17

chanyeolhgh 发表于 2020-9-14 13:02
感谢Sob老师给答疑的老师们带来不便深感抱歉下次一定注意但老师如果不写tight的话那关键词int=ultraf ...

你第二个输出文件没正确贴上来

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-14 15:06
本帖最后由 chanyeolhgh 于 2020-9-14 15:09 编辑

ldatea 发表于 2020-9-14 14:17
你第二个输出文件没正确贴上来

第二个输出文件 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
不好意思老师第一次上传附件带来不便恳请原谅您看我这次贴出来的对吗

作者
Author: ldatea 时间: 2020-9-14 23:29
本帖最后由 ldatea 于 2020-9-15 05:34 编辑

后面这个不收敛其实很容易就知道发生了什么，就是13到14结构变化太大，导致算14的时候读取13收敛的波函数作为初猜质量太差，出现scf在规定圈数不收敛
如果结构改变不大，上一个点的波函数作为下一个点的初猜大部分时候会有利于收敛，你前面没有报错就是因为收敛难度低了，但是13-14这一步，结构改变大，可能和你用gaussian默认的Harris泛函初猜质量差不多，收敛难度就回到了你最开始的128圈也不收敛的那种状态，出现128圈不收敛是很正常的。

用gaussviw打开.log,左下角勾选“read intermediate....”然后就可以看到13-14结构发生了巨大的改变。

你可以尝试提取13的坐标（guassview切到13的几何结构，直接保存为.gjf即可），然后opt=(notrust,maxstep=N) (N一般用3，4，5）避免每次结构改变过大。
用14坐标继续优化也是可以的，但是我感觉14偏离平衡位置更远。

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-15 09:49

ldatea 发表于 2020-9-14 23:29
后面这个不收敛其实很容易就知道发生了什么，就是13到14结构变化太大，导致算14的时候读取13收敛的波函数作 ...

好的老师感谢您的耐心指导我这就去试一试

作者
Author: naonao5205 时间: 2020-9-15 10:32
您好，请问可以解释下为什么要带一个电荷吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-16 09:32

chanyeolhgh 发表于 2020-9-14 13:02
感谢Sob老师给答疑的老师们带来不便深感抱歉下次一定注意但老师如果不写tight的话那关键词int=ultraf ...

设置明显是错的
你当前这个体系明明是中性单重态，你却当阴离子自由基计算，显然电子结构古怪、SCF难收敛

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-16 15:04

sobereva 发表于 2020-9-16 09:32
设置明显是错的
你当前这个体系明明是中性单重态，你却当阴离子自由基计算，显然电子结构古怪、SCF难收 ...

Sob老师我想要计算脂肪酸的电子亲和能想要分别计算中性和自由基阴离子的能量自由基阴离子的结构优化都是在中性结构基础上只更改了电荷和自旋多重度其他的都没改变请问老师我应该怎样更改才能合理的优化自由基阴离子呢

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-16 15:07

naonao5205 发表于 2020-9-15 10:32
您好，请问可以解释下为什么要带一个电荷吗？

老师您好我是想计算电子亲和能想要分别计算中性和自由基阴离子能量所以在优化过程中添加了一个电荷请问老师这样优化和计算自由基阴离子是不合理的吗那我应该怎样更改呢感谢老师

作者
Author: naonao5205 时间: 2020-9-16 15:56

chanyeolhgh 发表于 2020-9-16 15:07
老师您好我是想计算电子亲和能想要分别计算中性和自由基阴离子能量所以在优化过程中添加了一个电荷 ...

这个目的的话可以不需要优化。

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-16 16:04

naonao5205 发表于 2020-9-16 15:56
这个目的的话可以不需要优化。

感谢老师但计算绝热电子亲和能不是在中性和阴离子自由基状态下分别优化后的能量差吗如果不优化直接计算单点能做差吗还想请问老师我的阴离子自由基体系的设置在中性体系下改变电荷和自旋多重度是合理的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-17 13:22
尝试换个泛函，比如wB97XD优化，或许能好点
单纯对于SCF不收敛这个问题，直接的解决方法就是下文说的，没有可补充的
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

另外也可以先尝试把烃链截短，看看能优化出什么样

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