计算化学公社

标题: 请问用gview怎么画离子键 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-13 14:53
标题: 请问用gview怎么画离子键
本帖最后由明园于 2020-9-14 17:06 编辑

请问卢老师，像这种阳离子表面活性剂，它的亲水头基

-NH2·HCl

怎么画呢？
我画了 -NH3+ ，但是不知道 Cl- 不知道怎么往上加了。
是不是应该直接不加，然后在溶液里加阴离子保持电中性吗？
谢谢卢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-13 15:46
就画在NH3+旁边就行了，优化后会自发调节位置

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-13 16:57

sobereva 发表于 2020-9-13 15:46
就画在NH3+旁边就行了，优化后会自发调节位置

好的谢谢老师

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-14 17:05

sobereva 发表于 2020-9-13 15:46
就画在NH3+旁边就行了，优化后会自发调节位置

卢老师，优化出来的分子，我想用ATB网站得到itp文件，但是我上传文件后，提示错误：Your structure file could not be processed. Error was: Mol_Data Error: Missing connectivities for atoms [67]
老师，我优化的分子已附上。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-9-14 18:26

明园发表于 2020-9-14 17:05
卢老师，优化出来的分子，我想用ATB网站得到itp文件，但是我上传文件后，提示错误：Your structure file ...

附件没有上传成功

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-14 18:38

wzkchem5 发表于 2020-9-14 18:26
附件没有上传成功

谢谢你，请问是因为我优化的问题吗？错误提示67号原子连接度缺失。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-9-14 21:39

明园发表于 2020-9-14 18:38
谢谢你，请问是因为我优化的问题吗？错误提示67号原子连接度缺失。

67号原子是你的氯离子吗？

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-15 08:17

wzkchem5 发表于 2020-9-14 21:39
67号原子是你的氯离子吗？

是的，最后的结构是个NH3+CL-

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-16 09:30

明园发表于 2020-9-14 17:05
卢老师，优化出来的分子，我想用ATB网站得到itp文件，但是我上传文件后，提示错误：Your structure file ...

本来就不应当把这个整体当做一个分子提交给ATB处理
你应当只提交阳离子部分，因为实际模拟中阴离子是游离的

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-16 09:35

sobereva 发表于 2020-9-16 09:30
本来就不应当把这个整体当做一个分子提交给ATB处理
你应当只提交阳离子部分，因为实际模拟中阴离子是游 ...

好的谢谢老师

作者
Author: SMALL-CR7 时间: 2023-10-30 09:38
本帖最后由 SMALL-CR7 于 2023-10-30 09:39 编辑

你好，请问您解决这个问题了吗？我最近有一个离子化合物的大分子要算，其中氧原子和磷原子之间的键是离子键，这个要怎么画呢，是否可以请教一下？

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