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标题: 关于DFT-D3计算的一些小小疑惑 [打印本页]

作者
Author: lei234 时间: 2015-10-19 10:00
标题: 关于DFT-D3计算的一些小小疑惑
以下是关于D3计算的时候的一些小小疑惑，希望高人能指点一二，在此谢过~

1.单独进行频率计算的时候，需要加empiricaldispersion=gd3(BJ)吗？（结构优化的时候已经加了）还有做irc的时候要加吗？是不是只要结构优化的时候加了，在此结构基础上做的任何计算都要加？

2. 因为我先做了没有加GD3(BJ)的优化，现在要加进去优化，可以读前面没有加的chk文件进行优化吗？（就是可以用guess=read吗？）

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-19 15:50
1 用了empiricaldispersion=gd3(BJ)就等于更改了计算级别。做振动分析、IRC的时候，计算级别必须和几何优化时一致。

2 可以。

作者
Author: lei234 时间: 2015-10-19 16:09

sobereva 发表于 2015-10-19 15:50
1 用了empiricaldispersion=gd3(BJ)就等于更改了计算级别。做振动分析、IRC的时候，计算级别必须和几何优化 ...

OK~

作者
Author: lao7 时间: 2015-10-20 08:48
鄙人觉得，对于优化结构可加可不加，对于涉及到能量的计算，尤其对于色散力，或者弱的分子力作用，就要加。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-20 17:14

lao7 发表于 2015-10-20 08:48
鄙人觉得，对于优化结构可加可不加，对于涉及到能量的计算，尤其对于色散力，或者弱的分子力作用，就要加。

对于较大、柔性、存在分子内色散作用的分子，加不加对结构影响还是不小的，有时候影响很大，得到的结构差老远。另外对于pi-pi堆积这样，直接用B3LYP优化简直没法用。
其它情况的优化时都可以不加。

作者
Author: 茉莉呀 时间: 2019-12-9 15:51

sobereva 发表于 2015-10-20 17:14
对于较大、柔性、存在分子内色散作用的分子，加不加对结构影响还是不小的，有时候影响很大，得到的结构 ...

那请问一下老师计算一个共轭结构对氧的吸附也是要的DFT-D3的吧？
“The adsorption energy of O2 is calculated at B3LYP level, which neglects NL ee correlation effects, i.e., NL dispersion, which will significantly contribute. The authors should use more appropriate method, at least empirically corrected DFT”这里指的就是应该加上弱相互作用的影响吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-15 10:49

茉莉呀发表于 2019-12-9 15:51
那请问一下老师计算一个共轭结构对氧的吸附也是要的DFT-D3的吧？
“The adsorption energy of O2 is cal ...

“加上弱相互作用的影响”有严重语义问题
仔细看下面的文章自然就明白了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

作者
Author: 茉莉呀 时间: 2019-12-16 09:15

sobereva 发表于 2019-12-15 10:49
“加上弱相互作用的影响”有严重语义问题
仔细看下面的文章自然就明白了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3 ...

是我表达错了老师，我理解的是DFT-D3泛指可以解决弱相互作用的问题。
那老师我再想问一下审稿人这里给出的意见加上DFT-D3可以解决吗？
这三篇文章我都看过了，不过心里还是不太靠谱，所以想来问问老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-16 11:54

茉莉呀发表于 2019-12-16 09:15
是我表达错了老师，我理解的是DFT-D3泛指可以解决弱相互作用的问题。
那老师我再想问一下审稿人这里给出 ...

可

作者
Author: 茉莉呀 时间: 2019-12-17 09:17

sobereva 发表于 2019-12-16 11:54
可

谢谢老师！

作者
Author: cmso 时间: 2021-8-16 10:59
有个相关问题想求助，在算的一个体系，在优化结构和计算单点能时用了B3PW91(GD3BJ)，但计算出的TS活化能的比较不符合和实验结果。后来找到一篇类似相关研究的论文，特别提到加了GD3会影响当前体系的计算能量结果的正确性。用B3PW91(GD3BJ)优化好的结构，去掉GD3BJ计算单点能，就和实验结果一致了。请问带GD3BJ优化好的结构，是否需要去掉GD3重新做一次？还是计算单点能时不加GD3就可以了？谢谢！

作者
Author: snljty 时间: 2021-8-16 11:58

cmso 发表于 2021-8-16 10:59
有个相关问题想求助，在算的一个体系，在优化结构和计算单点能时用了B3PW91(GD3BJ)，但计算出的TS活化能的 ...

不要效仿这种行为。单点能如果精度不够，应该考虑更高的计算水平。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-16 12:09

snljty 发表于 2021-8-16 11:58
不要效仿这种行为。单点能如果精度不够，应该考虑更高的计算水平。

这种不就是凑数据嘛

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-8-16 16:17

cmso 发表于 2021-8-16 10:59
有个相关问题想求助，在算的一个体系，在优化结构和计算单点能时用了B3PW91(GD3BJ)，但计算出的TS活化能的 ...

这个凑数据之嫌严重,至于与实验结果更一致更像是误差抵消的结果

作者
Author: snljty 时间: 2021-8-16 20:13

喵星大佬发表于 2021-8-16 12:09
这种不就是凑数据嘛

作者
Author: limen 时间: 2023-5-9 07:06
(, 下载次数 Times of downloads: 14)
请教：1.对于这个体系，为什么用b3lyp-d3(bj)会不收敛，不用反而收敛了。
2.对于这个体系是否可以优化时不加色散，能量计算时加色散和用更大的基组？

作者
Author: dnlx 时间: 2023-5-9 20:28

limen 发表于 2023-5-9 07:06
请教：1.对于这个体系，为什么用b3lyp-d3(bj)会不收敛，不用反而收敛了。
2.对于这个体系是否可以优化时 ...

存在氢键，B3LYP优化必须加色散校正。

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