计算化学公社

标题: 求助：packmol与amber联用的问题 [打印本页]

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-13 21:47
标题: 求助：packmol与amber联用的问题
本帖最后由任嘉人amber 于 2020-9-13 21:50 编辑

各位老师好，我用packmol构建了一个1:54的体系，packmol已经成功给出了我pdb，我看结构也是合理的，接着我用tleap直接载入这个packmol给我生成的pdb以及相关的力场参数，得到了prmtop和inpcrd文件，问题1：但是在跑动力学模拟的时候，第一步最小化就报了这个错，想问一下各位老师这是什么原因，我该怎么解决呢？
问题2：setbox和solvatebox有什么区别呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-14 06:31
packmol默认是不产生盒子信息的，用add_box_sides才能产生盒子信息，下文提了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

但即便是载入含有盒子信息（CRYST1字段）的pdb，leap也未必会将之视为当前的盒子信息（具体我忘了），没盒子的话，你又用ewald或其变体算非键作用，肯定是不行的。

setbox仅仅是设盒子，而solvatebox在创建盒子的同时还可以往真空区添加溶剂，也可以只往之前盒子的真空区域填充溶剂。

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-14 10:42

sobereva 发表于 2020-9-14 06:31
packmol默认是不产生盒子信息的，用add_box_sides才能产生盒子信息，下文提了
分子动力学初始结构构建程序 ...

老师，我试了一下在packmol里面加了这个命令add_box_sides，确实还是会出现同样的这个问题，那我应该怎么才能解决这个问题呢，我不太明白设置盒子的意义，只是单纯因为动力学模拟过程中我使用了ewald算非键作用么，这个跟周期性边界条件有关系么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-16 09:36

任嘉人amber 发表于 2020-9-14 10:42
老师，我试了一下在packmol里面加了这个命令add_box_sides，确实还是会出现同样的这个问题，那我应该怎么 ...

动力学模拟基本知识太匮乏

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作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-18 19:23

sobereva 发表于 2020-9-16 09:36
动力学模拟基本知识太匮乏

谢谢老师

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