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标题: 求问如何使用gromacs计算定压及定容热容等溶液性质 [打印本页]

作者
Author: ken2020 时间: 2020-9-14 11:01
标题: 求问如何使用gromacs计算定压及定容热容等溶液性质
在gmx附带的程序文档中未找到相关说明，使用gmx energy -fluct_props 得到的输出中只有压缩系数，弹性模量及体积，真心求救，之前都用的openmm没有使用过Gromacs

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-15 15:03
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

作者
Author: ken2020 时间: 2020-9-16 11:37

sobereva 发表于 2020-9-15 15:03

非常感谢您！

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-3-3 20:35

sobereva 发表于 2020-9-15 15:03

请问老师这个分子数应该怎么选择？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-3 21:36

yangjunfang 发表于 2022-3-3 20:35
请问老师这个分子数应该怎么选择？

你模拟的体系有多少分子当然自己知道

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-3-4 08:41

sobereva 发表于 2022-3-3 21:36
你模拟的体系有多少分子当然自己知道

好的，明白了老师，谢谢您

作者
Author: 立正 时间: 2022-8-23 21:21

sobereva 发表于 2020-9-15 15:03

老师您好，请问楼主问题中的“使用gmx energy -fluct_props 得到的输出中”的弹性模量是如何输出的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-24 08:49

立正发表于 2022-8-23 21:21
老师您好，请问楼主问题中的“使用gmx energy -fluct_props 得到的输出中”的弹性模量是如何输出的呢

help里可见
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Property                      Energy terms needed
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Heat capacity C_p (NPT sims): Enthalpy, Temp
Heat capacity C_v (NVT sims): Etot, Temp
Thermal expansion coeff. (NPT):  Enthalpy, Vol, Temp
Isothermal compressibility:    Vol, Temp
Adiabatic bulk modulus:       Vol, Temp
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提取的数据你选了什么就能给出什么

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