计算化学公社

标题: 求助 TB购买集群服务器配置和价格是否合适 [打印本页]

作者
Author: stuy 时间: 2020-9-14 15:54
标题: 求助 TB购买集群服务器配置和价格是否合适
课题组准备搭一个小型集群服务器，用来做计算化学和分子动力学计算，会用到gaussian,cp2k,gromacs。目前的设想是购买三个节点，其中两个做纯计算节点，另一个计算兼做存储。参考sob老师给出的顶级双路服务器配置，跟商家沟通后确定的配置如下：
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之前咨询了一下计算组的老师，老师推荐6系列的CPU比较适合计算，所以CPU选择了6278C。请问各位老师这样的配置合适吗？
目前还没有开始做分子动力学计算，对显卡的性能不太了解，我们主要算溶液，体系不会太大，不知道每个节点配一个显卡会不会利用率不高，请问老师们对显卡的配置有什么建议吗？
预计两三年之内没有并行的需求，如果暂时用千兆网，之后有需要了再改100G好改吗？还是一次配置齐全比较好？

另外计算组的老师说存储节点上的硬盘数据可以通过部署NFS共享到其他节点，请问除了NFS，集群服务器还建议进行哪些部署和设置（比如进行作业管理，登录用户管理，资源分配，网络设置等等）？

谢谢各位老师指教！

作者
Author: biogon 时间: 2020-9-14 16:06
6278c还行，和8268差不了多少，但是这一套价格偏贵了

作者
Author: xiaomidaxue 时间: 2020-9-14 16:16
自己去淘宝挨个查配件的价格，最后总价浮动10%左右就是合理价格。

作者
Author: doublezhang 时间: 2020-9-14 16:27
显卡没必要的，你留好显卡供电，等年底30系列出来在上显卡也不迟

作者
Author: llzz0309 时间: 2020-9-14 17:01
1. 首先你的GPU没必要了。30系列的都出来，就算你想用GPU加速，完全没必要买20系列的了。
2. 做3个节点集群的话，你的文件系统可以用nfs，相对来说容易部署。既然都用了集中nfs做集中存储了，那作业系统及其他集群环境也推荐做了。
3. 集群的网络的话，如果你们不需要跨节点并行，那么千兆就行，如果计算体系很大，那么最好需要一个万兆高速计算网络。当然，计算网络用什么最终是由你们的预算决定的。你所提到的计算软件，如果在10人以下用户的话，那么56GB IB网络就可以，无需100G。

作者
Author: abin 时间: 2020-9-14 18:17
这么小的规模，
还有什么独立的存储管理节点？
如果真要独立的存储管理节点，搞一台E3机器，加装RAID卡，便宜很多。也稳定。

这个时候，每台机器搭配告诉读写磁盘就可以了。

存储啊，如果仅仅是用来存放用户数据，那么速度就有太高的要求，普通机械做RAID。
估计是采用RAID5。
做RAID的好处是，盘坏了，数据在。
不过在使用使用中，如果单盘容量大，恢复时间也长，更容易出现其他盘挂掉的情形。

所以，对于小规模的集群和数据，我建议，采用大容量的机械盘，并给用户配备移动硬盘自己备份自己的数据。

系统盘吗，金士顿的120GB就够了。
如果担心坏，买几个，把系统克隆一下放着，如果坏了，直接换盘。

楼上说配备56GB IB网，如果能找到旧货，可以试试，否则价格很高的。

根据我浅显的使用经验，gaussian,cp2k,gromacs，这三个，貌似多机器并行效率一般般。
所以，实际使用中，可能是集群调度，单机运行的情形多。这种情形下，也许用不到高速网络，因为读写在本地做。

前几天，刚刚做了8175M平台双机+万兆网络的双节点集群，效果还行的。
实际配置是，
120GB系统盘2个+4TB机械盘1个+2个1TB NVME 做RAID0 +万兆光纤。
其实这个配置中，使用SATA接口的西数蓝盘4个，性能就很好了。
但是买机器的坚持要用NVME硬盘。实际上，双机万兆网络，发挥不出NVME RAID0阵列的读写性能的。

作者
Author: stuy 时间: 2020-9-14 21:06

doublezhang 发表于 2020-9-14 16:27
显卡没必要的，你留好显卡供电，等年底30系列出来在上显卡也不迟

嗯嗯，谢谢您的建议

作者
Author: stuy 时间: 2020-9-14 21:10

llzz0309 发表于 2020-9-14 17:01
1. 首先你的GPU没必要了。30系列的都出来，就算你想用GPU加速，完全没必要买20系列的了。
2. 做3个节点集 ...

谢谢您的建议！
请问作业系统和其他集群环境具体是指什么？网络传输速度和硬盘的读写速度会有一个限制另一个的说法吗？为什么较大的体系需要万兆网呢？

作者
Author: llzz0309 时间: 2020-9-14 21:20

stuy 发表于 2020-9-14 21:10
谢谢您的建议！
请问作业系统和其他集群环境具体是指什么？网络传输速度和硬盘的读写速度会有一个限制另 ...

集群环境可以简单的概括为网络文件系统、网络信息系统、作业调度系统、并行环境、集群监控系统。跨节点计算涉及到节点之间通讯，需要用高速网络连接来减小延时增大带宽。而跨节点计算可以使用多于单节点的核数，所以这就是我所说的，大体系时考虑跨节点计算。小体系用单个节点就能计算完成。你需要nfs做网络存储，那么你计算的数据都得经过计算网络传输到存储节点，所以当计算产生数据量大时，数据存储会因为网络速度而延时，进而导致计算速度降低。

作者
Author: stuy 时间: 2020-9-14 21:26

llzz0309 发表于 2020-9-14 21:20
集群环境可以简单的概括为网络文件系统、网络信息系统、作业调度系统、并行环境、集群监控系统。跨节点计 ...

嗯嗯明白了，非常感谢您的解答！

作者
Author: abin 时间: 2020-9-14 21:48
我仅仅有观测VASP双机器并行，合计72CPU核心，万兆网络。
读写缓存磁盘，4个机械SATA做RAID0。
在计算过程中过，硬盘读写可以忽略，大部分读写均在内存中完成，节点之间的数据交换部分，由网络承载，
数据量不大，间歇性数据交换。可能带宽不是问题，而响应时间延时才是关键。

至于这里用到的Gaussian，如果没有合理的版本，多机并行基本歇菜。
Gaussian16 linda，我有测试IB网络下的多机器并行，效果一般般。
也就是说，对于一个计算任务，一个节点，高斯算的慢，那么两个节点，基本也是慢，并不会快多少。

Gromacs，没具体测试，万兆网络，两节点应该没有太多的压力的。
cp2k，没用过，不晓得。

注意，普通民用级别的，如果买一台机器还考虑4万或者3万这种价格，IB网络就不要考虑了，比机器都贵的。

两三台机器，如果考虑多机器并行，
其实万兆网络就够了，再升级网络，费用很高的。

如果计算还要频繁写硬盘，多机器并行，不仅仅要网络，还需要读写跟上。
PCIe接口做了RAID卡，能做到多少速度？ 12Gbps，那刚刚和10Gpbs网络搭配上。
如果来一个100Gbps的网络，读写跟不上，也不是照样等？

当然，也并非所有的计算都频繁读写磁盘。
如果计算99%都是内存读写，那保证网络低延时，可以忽略储存的速度。

作者
Author: abdoman 时间: 2020-9-15 08:37

doublezhang 发表于 2020-9-14 16:27
显卡没必要的，你留好显卡供电，等年底30系列出来在上显卡也不迟

同意，老黄的30系列，性价王啊！

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