计算化学公社

标题: 求助：mmpbsa extract_coords.mmpbsa not opened [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-14 21:15
标题: 求助：mmpbsa extract_coords.mmpbsa not opened
输入：mm_pbsa.pl extract_coords.mmpbsa > extract_coords.log
显示：
extract_coords.mmpbsa not opened
For details see: http://ambermd.org/Questions/mm_pbsa.html#read_input_not_opened

查看该网址后得到：
=>> Reading input parameters
$file not opened
e.g.: mmpbsa.in not opened.

The MM-PB/SA input file you specified in the program call "perl mm_pbsa.pl" <mmpbsa input file> could not be opened for reading the parameters.

请问如何解决？

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-15 08:52
是不是需要这样？
perl mm_pbsa.pl < extract_coords.mmpbsa > extract_coords.log

perl 脚本是perl语言写的需要用perl执行
< 这个左键头时把文件输入给 mm_pbsa.pl
> 这个右箭头是把文件输出重定向给 extract_coords.log

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-15 15:16
在amber18/bin目录下执行
输入：
perl mm_pbsa.pl < /home/username/MD.nc/mmpbsa/extract_coords.mmpbsa > extract_coords.log
显示：
For details see: http://ambermd.org/Questions/mm_ ... cant_find_amberhome
我设置了环境变量了呀，而且环境变量是在amber18目录下，请问为什么不行呢？

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-15 15:16

DoubeeTwT 发表于 2020-9-15 08:52
是不是需要这样？
perl mm_pbsa.pl < extract_coords.mmpbsa > extract_coords.log

在amber18/bin目录下执行
输入：
perl mm_pbsa.pl < /home/username/MD.nc/mmpbsa/extract_coords.mmpbsa > extract_coords.log
显示：
For details see: http://ambermd.org/Questions/mm_ ... cant_find_amberhome
我设置了环境变量了呀，而且环境变量是在amber18目录下，请问为什么不行呢？

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-18 10:13

hyr95 发表于 2020-9-15 15:16
在amber18/bin目录下执行
输入：
perl mm_pbsa.pl < /home/username/MD.nc/mmpbsa/extract_coords.mm ...

你家目录下的.bashrc里有设置$AMBERHOME吗

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-19 10:09

DoubeeTwT 发表于 2020-9-18 10:13
你家目录下的.bashrc里有设置$AMBERHOME吗

设置了，而且设置正确
做nmod的时候又出现
C:\Users\lenovo\Documents\2345截图\QQ图片20200919095241.png

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-19 10:17

DoubeeTwT 发表于 2020-9-18 10:13
你家目录下的.bashrc里有设置$AMBERHOME吗

图片没显示出来，手动附上错误提示

Line minimizer aborted: step at upper bound
Line minimizer aborted: step at upper bound
Line minimizer aborted: step at upper bound
Line minimizer aborted: step at upper bound
Line minimizer aborted: step at upper bound
Line minimizer aborted: step at upper bound
Line minimizer aborted: step at upper bound
Line minimizer aborted: step at upper bound

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-20 14:04

hyr95 发表于 2020-9-19 10:17
图片没显示出来，手动附上错误提示

Line minimizer aborted: step at upper bound

不是很清楚发生了什么，但如果只是为了用mmpbsa没有速度上的要求，为什么不用mmpbsa.py呢？
Amber官网有教程的，感觉python会更简单一些把。。。
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/index.php

作者
Author: c00jsw00 时间: 2020-9-21 02:03
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/index.php 比較好吧

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-22 20:23

c00jsw00 发表于 2020-9-21 02:03
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/index.php 比較好吧

好的，非常感谢

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-22 20:25

DoubeeTwT 发表于 2020-9-20 14:04
不是很清楚发生了什么，但如果只是为了用mmpbsa没有速度上的要求，为什么不用mmpbsa.py呢？
Amber官网有 ...

哦哦，因为教程上先用了.pl做的，我就跟着做了。是mm_pbsa.pl和mm_pbsa.py实现的一样吗？

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-24 10:40

hyr95 发表于 2020-9-22 20:25
哦哦，因为教程上先用了.pl做的，我就跟着做了。是mm_pbsa.pl和mm_pbsa.py实现的一样吗？

是一样的只是一个用Perl语言编写的脚本，一个是用Python语言编写的脚本

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-28 09:21

DoubeeTwT 发表于 2020-9-24 10:40
是一样的只是一个用Perl语言编写的脚本，一个是用Python语言编写的脚本

好的，谢谢~

作者
Author: lily49 时间: 2021-4-6 17:44
请问楼主问题解决了吗？我也遇到了相同的报错，py版本的

作者
Author: hyr95 时间: 2021-5-18 11:17

lily49 发表于 2021-4-6 17:44
请问楼主问题解决了吗？我也遇到了相同的报错，py版本的

时间比较久了，忘了。但是mmpbsa最后没有做

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)