计算化学公社

标题: 关于Intel mpi 和openmpi冲突导致orca无法进行并行计算的问题 [打印本页]

作者
Author: Tinker 时间: 2020-9-15 14:01
标题: 关于Intel mpi 和openmpi冲突导致orca无法进行并行计算的问题
各位老师好：
最近我参照社长的博文安装了orca，但是也遇到了OpenMPI和其他MPI冲突的问题，在我的机器上，由于需要运行VASP，所以装了Intelmpi。

输入mpiexec -V，显示如下
Intel(R) MPI Library for Linux* OS, 64-bit applications, Version 5.0 Update 1  Build 20140709
Copyright (C) 2003-2014 Intel Corporation.  All rights reserved.

输入which mpiexec，显示
/opt/intel/impi/5.0.1.035/intel64/bin/mpiexec

设置多核并行计算时候报错
ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 8  /data/share/ORCA/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_scf_mpi test.gbw b test

我将.bashrc中的IntelMPI配置语句注释掉，并且修改$PATH和$LD_LIBRARY_PATH到openmpi路径后面，但是依旧运行不成功，请问还有没有其他的解决办法？谢谢！

作者
Author: Novice 时间: 2020-9-15 14:18
注释掉之后，关掉当前命令行窗口，新打开一个，再试。或者重启一下。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-15 14:18
重新进入终端，注释掉了之后重新进入终端才有效

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2020-9-15 14:25
你可以选择新建个用户分别使用vasp和orca，修改配置文件需要重启终端或者使用命令source ~/.bashrc使之生效；root用户应该是修改/etc/profile。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-15 14:42
root也修改~/.bashrc即可。我个人不建议动全局的/etc/profile

作者
Author: abin 时间: 2020-9-15 14:57
以全局且精默方式同时激活好几种功能一样的某某程序，
是一种无法原谅的愚蠢。

作者
Author: yurainingak 时间: 2020-9-15 15:32
其实不需要在~/.bashrc里面换来换去，比如你~/.bashrc里面设置的是Intelmpi，但是你在进行orca计算的时候需要使用openmpi，只需要在提交orca任务的脚本里面设置好openmpi的$PATH和$LD_LIBRARY_PATH即可，这样orca运行就会使用openmpi，而不是默认的intelmpi，如下所示：
***********************************************************************
#!/bin/bash
export PATH=/PARA/pp775/WY/openmpi/openmpi_2.02-gcc/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/PARA/pp775/WY/openmpi/openmpi_2.02-gcc/lib:/PARA/pp775/WY/work/soft/orca:$LD_LIBRARY_PATH
/PARA/pp775/WY/work/soft/orca/orca casscf.inp > out-casscf-7-nevpt2
***********************************************************************

作者
Author: Tinker 时间: 2020-9-15 15:35

Novice 发表于 2020-9-15 14:18
注释掉之后，关掉当前命令行窗口，新打开一个，再试。或者重启一下。

谢谢，最后发现是/etc/profile里的没改

作者
Author: Tinker 时间: 2020-9-15 15:35

喵星大佬发表于 2020-9-15 14:18
重新进入终端，注释掉了之后重新进入终端才有效

谢谢，最后发现是/etc/profile没改

作者
Author: Tinker 时间: 2020-9-15 15:37

sobereva 发表于 2020-9-15 14:42
root也修改~/.bashrc即可。我个人不建议动全局的/etc/profile

谢谢社长，卖服务器在/etc/profile也写了，我注释掉了，同时也修改了root的环境变量，就可以了

作者
Author: Tinker 时间: 2020-9-15 15:37

abin 发表于 2020-9-15 14:57
以全局且精默方式同时激活好几种功能一样的某某程序，
是一种无法原谅的愚蠢。

哈哈，linux功底不行，向您学习

作者
Author: Tinker 时间: 2020-9-15 15:41

yurainingak 发表于 2020-9-15 15:32
其实不需要在~/.bashrc里面换来换去，比如你~/.bashrc里面设置的是Intelmpi，但是你在进行orca计算的时候需 ...

是的，用排队系统，直接写到pbs里面，目前运行没有问题。
之前是卖机器的在/etc/profile也写了Intelmpi的路径，我没有注释掉

作者
Author: abin 时间: 2020-9-15 15:48

Tinker 发表于 2020-9-15 15:41
是的，用排队系统，直接写到pbs里面，目前运行没有问题。
之前是卖机器的在/etc/profile也写了Intelmpi ...

就算没有队列调度，这样可以一个ID下面使用多种不同版本的程序。
在~/.bashrc中留空，不写多余设定，仅仅保留系统默认的。

AAA.sh
里面写 AAA所依赖的MPI和编译器，数学库等版本
然后
mpirun -np AAA.xxx > fadfadf.log

最后 bash aaa.sh &

BBB.sh
里面写BBB所需要的东西。
以及BBB运行指令。
而后 bash BBB.sh &

这有什么难的啊？

玩的高级一点，可以用module来加载环境依赖。

作者
Author: 万里云 时间: 2020-9-15 19:44
这个最好的解决方案是安装Environment Modules软件。

作者
Author: ccduck 时间: 2023-6-28 19:36
请问，which mpirun显示的是intelmpi的位置，但mpirun -V显示的是openmpi的版本，但我现在想只用intelmpi，bashrc里也写了intelmpi的位置，但并没有成功，mpirun -V仍然是openmpi的版本，我该如何修改呢？

作者
Author: snljty2 时间: 2023-6-28 20:05

ccduck 发表于 2023-6-28 19:36
请问，which mpirun显示的是intelmpi的位置，但mpirun -V显示的是openmpi的版本，但我现在想只用intelmpi， ...

把.bashrc的手动添加的，至少是和MPI相关的全注释了，用Intel的，如果是OneAPI装的只要source /opt/intel/oneapi/mpi/latest/env/vars.sh intel64就行。如果是老的Parallel Studio，也类似，都在/opt/intel下，找一下路径即可。

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