计算化学公社

标题: 模拟纯水体系的表面张力数值是负的求助 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-15 17:31
标题: 模拟纯水体系的表面张力数值是负的求助
卢老师，我想模拟纯水的体系的表面张力，建了一个7nm的盒子，用packmol装了5000个水，用的mdp文件是培训班里给的纯水-真空体系计算中的文件，但是我得到的数值是负的，请问您觉得是什么问题呢？

作者
Author: jimulation 时间: 2020-9-15 23:43
7nm的盒子如果是正方体，能装下的水分子数远不止5000个吧。用的NPT吗？

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-16 08:22

jimulation 发表于 2020-9-15 23:43
7nm的盒子如果是正方体，能装下的水分子数远不止5000个吧。用的NPT吗？

不是，用的NVT

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-16 08:22

jimulation 发表于 2020-9-15 23:43
7nm的盒子如果是正方体，能装下的水分子数远不止5000个吧。用的NPT吗？

你好，需要装满吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-16 08:36
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“模拟纯水体系的表面张力”改了，以后务必注意

模拟表面张力显然不能装满盒子，否则根本都没有界面了

先把培训里的例子重复一遍。

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-16 09:04

sobereva 发表于 2020-9-16 08:36
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

谢谢卢老师，卢老师我其实是要算加入表面活性剂的水溶液的表面张力
我的实验体系里没有用到油，所以我想能不能这样建模：水-表面活性剂-空气。
但我不清楚表面活性剂是随机扔在水里还是排列整齐在水的表面，卢老师你认为应该如何？
空气能用真空代替吗？
谢谢卢老师，万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-16 09:22

明园发表于 2020-9-16 09:04
谢谢卢老师，卢老师我其实是要算加入表面活性剂的水溶液的表面张力
我的实验体系里没有用到油，所以我想 ...

空气肯定是用真空来描述，那么低的气体分子浓度不可能表现出来

你就算随机扔在水里，模拟一阵子之后也会自发变得排布有序，至于能否恰好铺满界面，那看表面活性剂的数目了

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-16 09:36

sobereva 发表于 2020-9-16 09:22
空气肯定是用真空来描述，那么低的气体分子浓度不可能表现出来

你就算随机扔在水里，模拟一阵子之后也 ...

好的谢谢卢老师

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