计算化学公社

标题: 求助在分析表面静电势的时候，感兴趣的反应位点处没有出现静电势极大值点应该怎么办？ [打印本页]

作者
Author: shaco 时间: 2020-9-16 20:41
标题: 求助在分析表面静电势的时候，感兴趣的反应位点处没有出现静电势极大值点应该怎么办？
请教各位老师，最近我在参照sob老师的博文《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》进行研究时遇到了一些问题，图中是我研究的体系，我想考察结构中2个异氰酸酯基的反应活性差距，但是做出来的数据，右边异氰酸酯基上的C原子附近出现了设想的静电势极大点，但是左边的异氰酸酯中却没有。我在研究其他结构的时候，通过调整分子表面分析的格点距离(从0.15增大至0.25)，有时候能解决这个问题，找到极大值点。但还有一些结构，怎么调都找不到。所以想请教各位老师一下，这种情况有没有什么方法对它进行处理，能够找出左边这个静电势极大点呢？还请各位老师不吝赐教，十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-17 12:43
极大点是否存在是数学定义上的事，左边的情况恰好没有某个顶点是比周围所有顶点静电势都更大罢了，本来就不存在相应的极大点。

你若想要那个区域的静电势的具体数值，用下文里提及的ESPpt方式显示表面顶点，在VMD里用键盘上的0进入查询模式，点击一个表面顶点，看文本窗口里的index号，然后去vtx.pdb查询相应表面顶点的静电势的值（B因子那一列）就完了。假设index号是5，那么将vtx.pdb里开头的多余的信息删掉后，就对应于位于第5+1=6行的表面顶点。
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

作者
Author: shaco 时间: 2020-9-17 15:23

sobereva 发表于 2020-9-17 12:43
极大点是否存在是数学定义上的事，左边的情况恰好没有某个顶点是比周围所有顶点静电势都更大罢了，本来就不 ...

感谢sob老师的回复，我还想请教一下，如果按照我这个结构的情况，想考察2个异氰酸酯的反应活性差距，还有没有其他的办法呢？因为如果左边的那个异氰酸酯基上找不到合适的静电势极大点(就是在用ESPext找表面顶点然后找不到)，是不是就没办法比较了，只能换其他的方法比如比较原子电荷和福井函数了？再次感谢您的帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-19 09:14

shaco 发表于 2020-9-17 15:23
感谢sob老师的回复，我还想请教一下，如果按照我这个结构的情况，想考察2个异氰酸酯的反应活性差距，还有 ...

本来静电势对于预测反应活性就不是理想、很靠谱的做法，反例太多了。用其它的。ALIE也非常有用，下文介绍了
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

作者
Author: shaco 时间: 2020-9-19 13:04

sobereva 发表于 2020-9-19 09:14
本来静电势对于预测反应活性就不是理想、很靠谱的做法，反例太多了。用其它的。ALIE也非常有用，下文介绍 ...

好的，多谢sob老师的回复，我再仔细的看一下相关的博文

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