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标题: 求助：牵引力设置绝对参考时报错-除开牵引组其它部分没有绝对参考 [打印本页]

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Author: pubertystory 时间: 2020-9-16 22:08
标题: 求助：牵引力设置绝对参考时报错-除开牵引组其它部分没有绝对参考
本帖最后由 pubertystory 于 2020-9-17 18:23 编辑

我的体系是在一个5*5*12的盒子里竖直放置一个25个碱基对的DNA分子，现在想对两端（第2个碱基对，第24个碱基对）各施加一个简谐势，使得两端基本能在（2.5，2.5，11.5）和（2.5，2.5，0.5）的两个参考点坐标附近移动，分子基本保持于盒子中心竖直的状态。
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我的mdp文件里pull设置如下：
pull-nstxout          = 25000
pull-nstfout          = 25000
pull                   = yes
pull-ngroups          = 2
pull_ncoords          = 2
pull_group1_name       = bp2
pull_group2_name       = bp24
pull_coord1_groups    = 0 1
pull_coord1_origin    = 2.5 2.5 11.5
pull_coord1_dim       = Y Y Y
pull_coord1_k          = 0.3
pull_coord2_groups    = 0 2
pull_coord2_origin    = 2.5 2.5 0.5
pull_coord2_dim       = Y Y Y
pull_coord2_k          = 0.3

但是grompp给出warning：
WARNING 1 [file md.mdp]:
  You are using an absolute reference for pulling, but the rest of the
  system does not have an absolute reference. This will lead to artifacts.

请问是mdp的pull选项哪里设置有问题，或是我的体系有错误吗？

附件是gro构象、mdp和index文件（水分子因为太大上传不了没有放上去），谢谢各位大佬！
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作者
Author: pubertystory 时间: 2020-9-16 22:13
本帖最后由 pubertystory 于 2020-9-17 18:29 编辑

原帖已修改，请管理员删除此楼

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-17 07:45
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图。
图片没发出来不要发新帖补充，而是应当编辑原帖

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