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标题: QE psl-1.0.0生成赝势时并行出错如何解决？ [打印本页]

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Author: Penson 时间: 2020-9-17 00:20
标题: QE psl-1.0.0生成赝势时并行出错如何解决？
本帖最后由 Penson 于 2020-9-17 00:41 编辑

在使用. ../make_ps生成pbe的赝势库时，发生了以下一段错误：
Making Ar.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.in ...application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 1
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 2
于是，Ar.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF赝势文件就无法生成。
同理，接下来还有好些元素的一些赝势都无法生成，最不能接受的是，O（氧）元素的四种赝势均生成失败，这直接导致了没有合适的O元素的赝势可用，很多计算想尝试却卡在赝势这一步，希望有经验的老师同学们分享出宝贵的解决办法，谢谢！

作者
Author: chrinide 时间: 2020-9-17 08:19
主页直接下载啊，现成的psl-1.0.0 http://www.quantum-espresso.org/pseudopotentials

O的 http://www.quantum-espresso.org/pseudopotentials/ps-library/o

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Author: wuhuawujiu 时间: 2020-9-17 08:38
有现成的，直接下载使用

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Author: Penson 时间: 2020-9-17 09:57

wuhuawujiu 发表于 2020-9-17 08:38
有现成的，直接下载使用

在哪里下载与QE相应版本对应的呢？我去官网下载了氧的赝势，是qe6.3生成的赝势，计算时说无法读取

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Author: rabbitkiller 时间: 2020-9-17 10:20

Penson 发表于 2020-9-17 09:57
在哪里下载与QE相应版本对应的呢？我去官网下载了氧的赝势，是qe6.3生成的赝势，计算时说无法读取

去B站看狗哥的QE教程吧，里面专门有一节将生成赝势。

https://www.bilibili.com/video/BV19t411y7wA?from=search

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Author: Penson 时间: 2020-9-17 16:28

rabbitkiller 发表于 2020-9-17 10:20
去B站看狗哥的QE教程吧，里面专门有一节将生成赝势。

https://www.bilibili.com/video/BV19t411y7wA?f ...

我就是专门按照狗哥教的方法生成的，然后某些元素出错了，不清楚是什么原因，大部分元素的大部分赝势都生成成功了

作者
Author: Penson 时间: 2020-9-17 16:33

chrinide 发表于 2020-9-17 08:19
主页直接下载啊，现成的psl-1.0.0 http://www.quantum-espresso.org/pseudopotentials

O的 http://www.q ...

也试过下载了，但是现在官网的是6.3版本的QE生成的赝势（大部分psl 1.0.0）,而我编译的目前是6.5版本的，投任务时说无法读取相应的O的赝势，我看过了，格式还有不少差别，没法修改

作者
Author: chrinide 时间: 2020-9-17 17:07
发一下你的输入文件吧

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-9-17 17:20

Penson 发表于 2020-9-17 16:28
我就是专门按照狗哥教的方法生成的，然后某些元素出错了，不清楚是什么原因，大部分元素的大部分赝势都生 ...

我刚翻了下我当时生成的赝势，果然木有O！

我自己还没注意，以为都成功了……

作者
Author: Penson 时间: 2020-9-19 02:43

chrinide 发表于 2020-9-17 17:07
发一下你的输入文件吧

好的，我上传了输入文件，是对8个锰和16个氧组成的二氧化锰晶胞进行晶胞弛豫的计算，麻烦帮我看看是否哪里有问题。其中Mn元素用的是QE 6.5生成的psl 1.0.0赝势，而O用的是官网下载的psl 1.0.0赝势。

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Author: wuhuawujiu 时间: 2020-9-19 13:09
赝势是通用的，不会存在算不了的情况

作者
Author: Penson 时间: 2020-9-19 14:29

wuhuawujiu 发表于 2020-9-19 13:09
赝势是通用的，不会存在算不了的情况

好的，我再多试试

作者
Author: chrinide 时间: 2020-9-19 15:51
我运行了你的输入文件，官网下载的势，没有任何问题。你仔细检查你的势文件的路径以及名称，最好打开看看势文件是不是正常的，按大小从200k到10M。

作者
Author: Penson 时间: 2020-9-20 23:43

chrinide 发表于 2020-9-19 15:51
我运行了你的输入文件，官网下载的势，没有任何问题。你仔细检查你的势文件的路径以及名称，最好打开看看 ...

好的，谢谢。那是否可以跑到第二个离子步？

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-10-4 10:42

Penson 发表于 2020-9-17 16:33
也试过下载了，但是现在官网的是6.3版本的QE生成的赝势（大部分psl 1.0.0）,而我编译的目前是6.5版本的， ...

我用QE6.5生成pbe赝势，显示的错误是“chi too large beyond r_c"。看了下成功生成的赝势文件，关于赝势生成脚本显示的是”Generated using "atomic" code by A. Dal Corso v.6.5“。

QE官网下载的psl赝势里面显示的是“Generated using "atomic" code by A. Dal Corso v.6.3MaX”，貌似是6.3MaX版本的QE生成的，跟6.3版本好像还不一样。

对于，”chi too large beyond r_c"，我比较了下QE6.5和QE6.3的compute_chi.f90文件，两个应该是一样的，所以我估计即使用QE6.3生成赝势，还是会报错。

不管怎样，我觉得有官网的可以用就行了，不纠结版本了……

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-10-4 17:27

Penson 发表于 2020-9-20 23:43
好的，谢谢。那是否可以跑到第二个离子步？

刚试了下qe6.6，可以生成O的赝势了。

作者
Author: Penson 时间: 2020-10-5 10:25

rabbitkiller 发表于 2020-10-4 10:42
我用QE6.5生成pbe赝势，显示的错误是“chi too large beyond r_c"。看了下成功生成的赝势文件，关于赝势 ...

是的，可是我结构优化走不到第二个离子步，不知道什么问题

作者
Author: Penson 时间: 2020-10-5 10:25

rabbitkiller 发表于 2020-10-4 17:27
刚试了下qe6.6，可以生成O的赝势了。

赞，我有空也去编译6.6试试

作者
Author: zhyf 时间: 2021-1-29 11:12

Penson 发表于 2020-10-5 10:25
赞，我有空也去编译6.6试试

我也是6.5有些赝势无法生成，换6.6就好了，好奇怪呀

作者
Author: Penson 时间: 2021-1-30 10:04

zhyf 发表于 2021-1-29 11:12
我也是6.5有些赝势无法生成，换6.6就好了，好奇怪呀

作者
Author: funok 时间: 2021-8-9 21:08
我也碰到了这个问题，不过使用openmpi-3.1.4+intel mkl+gcc+gfortrsn重新编译了ld1。然后就可以正常生成赝势文件了。

作者
Author: Penson 时间: 2021-8-10 00:23

funok 发表于 2021-8-9 21:08
我也碰到了这个问题，不过使用openmpi-3.1.4+intel mkl+gcc+gfortrsn重新编译了ld1。然后就可以正常生成赝 ...

学习了

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