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标题: 求助：关于表面活性剂分子和水中O原子的rdf的计算问题 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-17 08:31
标题: 求助：关于表面活性剂分子和水中O原子的rdf的计算问题
卢老师，再次麻烦您，我的体系是长方形盒子，两边真空，中间是水，水里有表面活性剂，经过5ns模拟，表面活性剂已经跑到水的表面。
我的表面活性剂有三处能形成氢键的地方，头基有个NH3+，还有两个羰基氧。您看对吗？请问是不是就只算头基和水分子结合的rdf就够了？
想做出文献里说的第一水化层，第二水化层。
我用make_ndx选出了OW，然后gmx rdf -f xxx.xtc -n index.ndx，先选中表面活性剂分子作为参考组，然后选OW组。
但是算出来感觉不大对呢，附件已上传。
感谢卢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-17 13:12
你不能把整个表面活性剂分子都当做参考组，否则得到的是对各个原子平均化的rdf，并没有什么实际意义。
你若要考察亲水基团与水的rdf，参考组就应当只定义为亲水基团部分的原子。

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-17 14:06

sobereva 发表于 2020-9-17 13:12
你不能把整个表面活性剂分子都当做参考组，否则得到的是对各个原子平均化的rdf，并没有什么实际意义。
你 ...

好的谢谢卢老师

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