计算化学公社

标题: NVT控温LINCS warning [打印本页]

作者
Author: jz_zhu 时间: 2020-9-17 09:42
标题: NVT控温LINCS warning
蛋白-小分子配体体系，gromacs2019版，amber14sb力场，小分子的itp由antechamber-acpype而来，随后include到蛋白的top中，形成complex，正常solvate, genion, em，NVT时出现LINCS warning，最后挂掉。已尝试办法：
1）增大上一步em强度，将emtol从1000降到100，而后继续complex的NVT。但问题依然存在
2）去掉小分子，只留下蛋白，只做蛋白的solvate, genion, em, NVT一切正常；表明是小分子itp的问题
3）只做小分子，真空中em，NVT报错如下图，确认是小分子itp的问题。这代表是这个小分子的itp参数不合理，可这个itp是从antechamber--parmchk2--tleap--acpype得到的top改过来的，这个参数要是不行，那该怎么办呢？

备注：我一共6个小分子，同样方式获取itp，只有这一个出现了这个情况。

补充一下前后complex命令(其它类似)：
      gmx grompp -f em.mdp -c complex_b2_sol_ion.gro -p complex.top -o em.tpr
      gmx mdrun -s em.tpr -v -deffnm em
      gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p complex.top -o nvt.tpr
      gmx mdrun -s nvt.tpr -v -deffnm nvt
以及部分nvt.mdp内容:
gen_vel                = yes ;
gen_temp                = 310 ;
gen_seed                = -1    ;
;
constraints             = h-bonds ;
continuation          = no          ;
constraint_algorithm    = lincs       ;
lincs_iter             = 1          ;
lincs_order             = 4

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-17 13:10
不要在不低的温度下直接gen_vel=yes，初速度大容易崩

mdp里要求每一步都往xtc里写入，仔细观看动力学过程的轨迹，分析什么原因所致

并且人工仔细检查原子类型、原子电荷指认的合理性

作者
Author: jz_zhu 时间: 2020-9-19 13:55

sobereva 发表于 2020-9-17 13:10
不要在不低的温度下直接gen_vel=yes，初速度大容易崩

mdp里要求每一步都往xtc里写入，仔细观看动力学过 ...

好的，谢谢老师的回复。我再找找问题，如果成功解决，再上来分享经验

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