计算化学公社

标题: 求助GAMESS计算势能面的输入文件的格式 [打印本页]

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Author: wulalalana 时间: 2020-9-17 11:12
标题: 求助GAMESS计算势能面的输入文件的格式
我从一篇文献上看到用 gamess 计算势能面，求 gamess 计算势能面输入文件的格式？这个输入文件怎么写呢？谢谢各位老师啦！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-17 12:58
就是做势能面扫描，给你点提示

(, 下载次数 Times of downloads: 48)
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但在一些特定场合中，需要自己写代码批量产生一批位置的单点的输入文件，然后批量提取数据。

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-17 14:51

sobereva 发表于 2020-9-17 12:58
就是做势能面扫描，给你点提示

老师，gamess计算势能面的输出文件可以用什么分析呢？那个输出文件不太能看懂

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-17 15:02

sobereva 发表于 2020-9-17 12:58
就是做势能面扫描，给你点提示

老师，还有用 gamess 算两个分子碰撞能量解离速率这种的话，我找到一个输入文件，老师看一下可以计算反应速率吗？

$contrl scftyp=rhf runtyp=eda coord=zmt $end
$system timlim=1 $end
$basis  gbasis=n31 ngauss=4 $end
$guess  guess=huckel $end

$morokm iatm(1)=3 $end

x$lmoeda matom(1)=3,4 mcharg(1)=0,0 mmult(1)=1,1 $end
x$contrl nosym=1 $end
xSsystem mwords=8 $end

$data
water-ammonia dimer...4-31G basis set
Cs

H
O 1 rOH
H 2 rOH 1 aHOH
N 2  R  1 aHOH 3 0.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 1  180.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 +120.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 -120.0

rOH=0.956
aHOH=105.2
rNH=1.0124
aHNaxis=112.1451  ! makes HNH=106.67
R=2.93
$end

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-17 15:18
你这个是一个水胺二聚体做LMO-EDA能量分级的输入文件啊，跟反应速率有啥关系

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-17 15:32

喵星大佬发表于 2020-9-17 15:18
你这个是一个水胺二聚体做LMO-EDA能量分级的输入文件啊，跟反应速率有啥关系

哦哦，不好意思，这个输入是算能量解离的吧

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-17 15:38
这是个计算水氨二聚体中氢键能和能量组成的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-18 23:13

wulalalana 发表于 2020-9-17 14:51
老师，gamess计算势能面的输出文件可以用什么分析呢？那个输出文件不太能看懂

掌握基本量子化学知识的前提下，仔细阅读输出文件，把坐标、能量信息通过grep、awk等命令提取出来

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-18 23:14

wulalalana 发表于 2020-9-17 15:02
老师，还有用 gamess 算两个分子碰撞能量解离速率这种的话，我找到一个输入文件，老师看一下可以计算反应 ...

“能量解离速率”语义不明

速率这类问题不是GAMESS-US里通过任何关键词直接算出来的。先搞清楚原理，弄清楚需要什么数据、量子化学程序都能直接算什么数据

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