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标题: 求助：gromacs在进行能量最小化时，分子出现了断裂 [打印本页]

作者
Author: youxx189 时间: 2020-9-17 21:34
标题: 求助：gromacs在进行能量最小化时，分子出现了断裂

跑动力学，模拟两个分子堆积，结果在能量最小化输出文件X.gro中发现分子出现断裂，请教一下各位老师是什么原因，谢谢！本人新手，各位大神指教~

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-9-17 21:48
显示问题，不影响模拟，如果要回复原样可以使用trjconv -pbc mol

作者
Author: youxx189 时间: 2020-9-18 21:13
好的谢谢老师啊

作者
Author: youxx189 时间: 2020-9-18 21:13

Lacrimosa 发表于 2020-9-17 21:48
显示问题，不影响模拟，如果要回复原样可以使用trjconv -pbc mol

好的谢谢老师啊

作者
Author: 半亩心田种清欢 时间: 2021-9-16 17:08
同学，您好，我想问一下，您这个问题解决了吗，是直接在gromacs中单独输入命令gmx trjconv -pbc mol就可以了吗

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