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标题: 求助，关于表面活性剂的mdp问题 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-19 09:33
标题: 求助，关于表面活性剂的mdp问题
卢老师，我根据培训班里纯水-真空体系的模拟计算，建了一个初始模型，真空-表面活性剂-水。
但是跑完以后，盒子里的水往中间跑，卢老师，你看mdp文件里要添加些什么才能使水不往盒子中间跑，
万分感谢，卢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-19 10:02
没有这种选项
你一开始的水太稀疏了，必然MD模拟后会收缩
想调整整体的位置用editconf加上translate

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-19 10:03

sobereva 发表于 2020-9-19 10:02
没有这种选项
你一开始的水太稀疏了，必然MD模拟后会收缩
想调整整体的位置用editconf加上translate

好的谢谢卢老师

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-19 14:21

sobereva 发表于 2020-9-19 10:02
没有这种选项
你一开始的水太稀疏了，必然MD模拟后会收缩
想调整整体的位置用editconf加上translate

卢老师，请问整个xtc轨迹文件，怎么整体往下调呢？好像editconf不能用xtc.

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-20 07:37

明园发表于 2020-9-19 14:21
卢老师，请问整个xtc轨迹文件，怎么整体往下调呢？好像editconf不能用xtc.

trjconv结合-trans

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-20 13:55

sobereva 发表于 2020-9-20 07:37
trjconv结合-trans

好的谢谢卢老师

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