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标题: 求助:运行REMD,副本数目需要相同量的核数来对应,只能采用超算中心的资源吗? [打印本页]

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AKB2005    时间: 2020-9-24 10:26
标题: 求助:运行REMD,副本数目需要相同量的核数来对应,只能采用超算中心的资源吗?
大家好,我现在在尝试做T-REMD,但是发现构建了26个副本之后,但是我们只有10核的资源,我运行了命令,gromacs提示:
The number of ranks (10) is not a multiple of the number of simulations (26)
这样就说明只能运用26个核才能并行处理这26个副本吗? 需要使用超算中心的资源才能跑的动?
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sobereva    时间: 2020-9-24 10:33
现在买较新的双路服务器普遍都在30核以上,几年前36核服务器也才两万多而已(《淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈》http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html
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AKB2005    时间: 2020-9-24 10:59
sobereva 发表于 2020-9-24 10:33
现在买较新的双路服务器普遍都在30核以上,几年前36核服务器也才两万多而已(《淘宝店购买双路2696v3服务器 ...

谢谢老师的回复,这个就只能问下导师的意愿了
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k64_cc    时间: 2020-9-24 11:06
别开openmp,然后开多于CPU数目的MPI进程,也可以跑起来的。

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sobereva    时间: 2020-9-24 12:04
你用-nt 26 -ntmpi 26虽然也可以跑,但由于并行线程数多于物理核心数,资源争抢导致速度会很慢,你要不在乎就凑合跑吧




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