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标题: 求助怎样在拓扑文件中设置constraint？ [打印本页]

作者
Author: IamHK 时间: 2020-9-24 15:27
标题: 求助怎样在拓扑文件中设置constraint？
各位老师，同学好，请教一个关于constraint的问题，我的一个液相体系中，需要给液体施加单侧压力让其通过一个纳米孔洞，我构建了一个石墨烯薄膜，并准备使用pull拉动它来产生一个压力，为了保证石墨烯膜不发生形变，想在石墨烯膜的拓扑文件中使用constraints来限制原子之间二面角，使膜不发生波动，graphene.itp中设置如下所示
[constraints]
;  ai aj ak al funct          c0
  36    1    2    3    1    3.600000e+02
2    1 36 35    1    3.600000e+02
2    1 648 613 1    1.800000e+02
... ...
但是gromacs一直报错Fatal error:
Incorrect number of parameters - found 3, expected 1 or 2 for Constr. No Conn..

然后我更改了第4列的（1改为2），报错信息相同。之后我又完全删除了第四列，报错信息为Fatal error:Invalid constraints type 36
请问各位我改怎样设置二面角的constraint，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-24 17:37
没法对二面角设constraints

通过较大力常数的二面角项或improper项来让石墨烯保持平面

作者
Author: IamHK 时间: 2020-9-24 17:48
好的，我试一试，感谢老师。

作者
Author: IamHK 时间: 2020-9-26 18:03

sobereva 发表于 2020-9-24 17:37
没法对二面角设constraints

通过较大力常数的二面角项或improper项来让石墨烯保持平面

sob老师好，我尝试了一下增加二面角参数，增加了1000倍，能量最小化后，nvt过程中报错。信息如下：2 particles communicated to PME rank 34 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.

二面角信息如下：
[ dihedrals ]
;  ai aj ak al funct          c0          c1          c2          c3          c4          c5
36    1    2    3    1  3.600000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03  3.600000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03
2    1 36 35    1  3.600000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03  3.600000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03
2    1 648 613    1  1.800000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03  1.800000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03
1    2    3    4    1  3.600000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03  3.600000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03
1    2 39 38    1  1.800000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03  1.800000e+02  5.000000e+03  3.000000e+03
石墨烯图片如下：
D:\gromacs\LLS_work\pressure_test\graphene.png

我的拓扑文件里面没有improper项。石墨烯为周期性结构，按照您培训课讲义中使用amber力场，./acpype.py -i graphene.mol2。无法生成拓扑。（使用小分子，如乙醇可以得到拓扑，且里面有improper）报错信息如下：WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
Total time of execution: less than a second。
请问我该怎样得到improper项？
然后，关于施加单侧压力的方法，之前看到您对类似问题的回答是，使用板来压，这里的板是膜吗？您有什么其他建议吗？感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-26 19:18

IamHK 发表于 2020-9-26 18:03
sob老师好，我尝试了一下增加二面角参数，增加了1000倍，能量最小化后，nvt过程中报错。信息如下：2 part ...

上传图片方式不对。注意看置顶的新社员必读贴。
石墨烯应当用x2top而不是acpype。我的培训里专门讲了怎么用x2top产生拓扑文件。x2top可以加-kp选项设置二面角力常数是多大，当前应设成比默认更大的值。但也不要设得过大，否则会由于高频震荡导致动力学不稳定。

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-10-24 22:10

sobereva 发表于 2020-9-24 17:37
没法对二面角设constraints

通过较大力常数的二面角项或improper项来让石墨烯保持平面

[ dihedral_restraints ]能够用来对二面角进行限制吗?这里是不是也可以用这个?

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-25 07:17

破晓时的曙光发表于 2020-10-24 22:10
[ dihedral_restraints ]能够用来对二面角进行限制吗?这里是不是也可以用这个?

可以。但实质上和直接恰当设置二面角力常数是一样的（如果二面角的平面性靠施加improper项体现），因此没必要刻意为之

作者
Author: ssyu 时间: 2023-5-24 17:07
请问能否交流一下解决这个问题的经验？我也遇到类似的问题

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