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标题: 求助，表面活性剂的密度分布图，水和油的密度不对 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-25 21:54
标题: 求助，表面活性剂的密度分布图，水和油的密度不对
卢老师，我的体系是油/表面活性剂/水/表面活性剂/油，我算了一个Z轴密度分布，水的密度应该是997，油的是735，请问为什么密度不对呢？
我用的是gromos54A7的力场，ATB的模型。
万分感谢，卢老师。

作者
Author: naoki 时间: 2020-9-26 15:45
看着还行啊，用的啥水模型，模拟过程温度压力是多少？
还可能就是gromos54A7力场不能很好地描述你这个油

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-26 21:31

naoki 发表于 2020-9-26 15:45
看着还行啊，用的啥水模型，模拟过程温度压力是多少？
还可能就是gromos54A7力场不能很好地描述你这个油

你好谢谢你，我的油是癸烷，我用的spce水模型，直接用的力场里的itp文件。温度是298k, 我用的NVT模拟。我跑了很多个体系，加了不同数量的表面活性剂，但是密度都不一样，有的高于密度值，有的低于密度值。请问这种情况是正常的吗，我是不是哪里模拟出现了问题。
万分感谢您的回答。

作者
Author: naoki 时间: 2020-9-26 23:45

明园发表于 2020-9-26 21:31
你好谢谢你，我的油是癸烷，我用的spce水模型，直接用的力场里的itp文件。温度是298k, 我用的NVT模拟。我 ...

用NPT系综。NVT你都固定盒子体积了，咋能得到实际密度呢

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-27 14:16

naoki 发表于 2020-9-26 23:45
用NPT系综。NVT你都固定盒子体积了，咋能得到实际密度呢

好的谢谢你，我是看卢老师的培训班的例子算表面张力用的NVT系综，万分感谢你，我自己试试用NPT系综。

作者
Author: naoki 时间: 2020-9-27 14:37

明园发表于 2020-9-27 14:16
好的谢谢你，我是看卢老师的培训班的例子算表面张力用的NVT系综，万分感谢你，我自己试试用NPT系综。

那个例子是算水的表面张力，上面有真空层的，只能用NVT，用NPT就把真空区压没了。你这个油水界面体系还是要用NPT跑到实际密度。

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-27 18:22

naoki 发表于 2020-9-27 14:37
那个例子是算水的表面张力，上面有真空层的，只能用NVT，用NPT就把真空区压没了。你这个油水界面体系还是 ...

啊原来是这样，好的谢谢你

作者
Author: naoki 时间: 2020-9-27 18:46

明园发表于 2020-9-27 18:22
啊原来是这样，好的谢谢你

NPT下把X、Y方向可压缩系数设为0可以保证XY尺寸不变

作者
Author: 明园 时间: 2020-9-27 21:46
本帖最后由明园于 2020-9-29 20:46 编辑

naoki 发表于 2020-9-27 18:46
NPT下把X、Y方向可压缩系数设为0可以保证XY尺寸不变

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