计算化学公社

标题: 求问有没有可以把xyz批量保存成图片的命令 [打印本页]

作者
Author: FugueH 时间: 2020-9-27 10:25
标题: 求问有没有可以把xyz批量保存成图片的命令
大神们好，我现在手里有一大批高斯 log 文件，写了一脚本把它转换成xyz，还可以用obabel转换成其他各种表示形式。
现在急需一个能把这些分子结构转换成图片的批处理命令，vmd也好gaussian也罢，有没有什么写个脚本就能批量保存数千个分子的图片的办法~~
谢谢各位大神了！！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-9-27 10:37
对图片的视角有要求吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-27 12:20
写VMD脚本，依次载入并删除，对每个体系用render命令渲染就完了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-27 13:10
刚才写了个脚本。启动VMD，复制到VMD文本窗口里，可以将当前目录下所有xyz文件渲染成同名但带.tga后缀的球棍模型的图片
mol default style CPK
color Display Background white
display depthcue off
axes location Off
set allfiles [glob *.xyz]
foreach file $allfiles {
mol new $file
puts "Rendering $file..."
render TachyonInternal $file.tga
mol delete top
}

作者
Author: FugueH 时间: 2020-9-27 21:10

sobereva 发表于 2020-9-27 13:10
刚才写了个脚本。启动VMD，复制到VMD文本窗口里，可以将当前目录下所有xyz文件渲染成同名但带.tga后缀的球 ...

感谢sob老师！！！帮助非常大

作者
Author: 谷鸽SD 时间: 2024-3-26 17:41

sobereva 发表于 2020-9-27 13:10
刚才写了个脚本。启动VMD，复制到VMD文本窗口里，可以将当前目录下所有xyz文件渲染成同名但带.tga后缀的球 ...

sob老师，我用这个成功导出了图片，就是分子结构占比有点小，这个图片的分辨率要在哪里调整呢？？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 18:49

谷鸽SD 发表于 2024-3-26 17:41
sob老师，我用这个成功导出了图片，就是分子结构占比有点小，这个图片的分辨率要在哪里调整呢？？

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: 谷鸽SD 时间: 2024-3-27 09:55

sobereva 发表于 2024-3-26 18:49
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt ...

感谢社长大人回复！我没太问明白，我们通过您在4L的脚本得到了.xyz.tga图片文件，也可以通过启动VMD来导出.dat文件，接着导出高像素的图片。现在的问题是我们需要批量将.xyz转化为.dat（为了后续调整分辨率），昨天试了下只改4L的命令，得到的.dat无法正常转化为其他图片形式，这样应该调整哪部分脚本内容呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-28 00:26

谷鸽SD 发表于 2024-3-27 09:55
感谢社长大人回复！我没太问明白，我们通过您在4L的脚本得到了.xyz.tga图片文件，也可以通过启动VMD来导 ...

看不懂你的问题。dat是Tachyon渲染器输入文件，本来就没法转化成图片格式，只能经过渲染后得到图片文件
文本编辑器打开dat文件看是否是合理的tachyon输入文件，不合理说明产生dat的脚本有问题，合理说明之后tachyon渲染过程有问题

作者
Author: 谷鸽SD 时间: 2024-3-28 13:49
本帖最后由谷鸽SD 于 2024-3-28 13:50 编辑

sobereva 发表于 2024-3-28 00:26
看不懂你的问题。dat是Tachyon渲染器输入文件，本来就没法转化成图片格式，只能经过渲染后得到图片文件
...

我们试图这在render 命令后加入-res 2048 2048 ，VMD提示-res不是命令。不能直接渲染高分辨率的图片，是不是不能直接这样修改命令

mol default style CPK
color Display Background white
display depthcue off
axes location Off
set allfiles [glob *.xyz]
foreach file $allfiles {
mol new $file
puts "Rendering $file..."
render TachyonInternal $file.tga -res 2048 2048
mol delete top
}

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-28 14:11

谷鸽SD 发表于 2024-3-28 13:49
我们试图这在render 命令后加入-res 2048 2048 ，VMD提示-res不是命令。不能直接渲染高分辨率的图片，是不 ...

分清楚tachyon和tachyoninternal，选项是两码事

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)