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标题: 弱相互作用的讨论 [打印本页]

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-22 21:35
标题: 弱相互作用的讨论
看到Sobereva《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》的帖子，受到启发，想要讨论phenol的O-H键与Si-H的双氢键（图一）的作用，做了图2，之后不知怎样分析，请大侠指正。1. 坐标轴和颜色所代表的含义 2. Si-H...H-O键作用怎样讨论，另外C-H与苯环有没有弱相互作用。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-22 22:17
这种图没什么用，应该作sigma(lambda2)rho填色的RDG等值面图，见手册4.100.1节或者
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

其余可用的研究方法见
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-23 20:05

sobereva 发表于 2015-10-22 22:17
这种图没什么用，应该作sigma(lambda2)rho填色的RDG等值面图，见手册4.100.1节或者
使用Multiwfn图形化研 ...

谢谢Sobereva的回复，学习中，

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-23 21:01
本帖最后由 HERO 于 2015-10-23 21:03 编辑

HERO 发表于 2015-10-23 20:05
谢谢Sobereva的回复，学习中，

sovereva，您好：按照说明做了图F:/SI-H/VMD.jpg，这个是不是说明SI-H...H-O之间和C-H与苯环的虚原子之间的弱相互作用？这个该怎样具体描述？颜色不是蓝色，是不是意味着作用比较弱？谢谢！

作者
Author: lao7 时间: 2015-10-23 21:25

HERO 发表于 2015-10-23 21:01
sovereva，您好：按照说明做了图，这个是不是说明SI-H...H-O之间和C-H与苯环的虚原子之间的弱相互作用？ ...

双氢键有作用分子力级别另外一个看不出来这图做的也太丑了！估计中心和坐标间距没有选好！

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-23 21:33

lao7 发表于 2015-10-23 21:25
双氢键有作用分子力级别另外一个看不出来这图做的也太丑了！估计中心和坐标间距没有选好！

谢谢lao7，图是按照说明一步步来的，没有做调整，用chemcraft画的，中心和坐标间距怎样调整？苯环中间的绿色代表啥意思？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-23 22:21
别用chemcraft啊，又丑又收费，要用VMD来画，手册里和博文里都说明了方法，multiwfn算完格点数据，执行个脚本就画出来了。当前这个图很难观察。

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-24 10:23
Sob，您好：谢谢您的回复。按照手册的操作步骤做了基态和第一激发态的图，比较后发现：1. SI-H...H-O之间没啥变化，而C-H与苯环中心的作用出现了绿色饼状图，是不是意味着在C-H与苯环中心在激发后出现了弱相互作用？ 2. 图形导出后发现分辨效果不好，怎样给调整的更加好看些。3. 有没有量化的指标更够分析SI-H...H-O在激发前后强度的变化。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-25 02:11
你是考察电子激发对弱相互作用的影响？基态和激发态是分别优化的么？考察激发态时是用的激发态密度么？
图片应当用png或jpg格式，不要用gif，因为gif格式色彩最多只有256，图片的色阶太严重，不好考察。

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-25 08:47
本帖最后由 HERO 于 2015-10-25 08:50 编辑

sobereva 发表于 2015-10-25 02:11
你是考察电子激发对弱相互作用的影响？基态和激发态是分别优化的么？考察激发态时是用的激发态密度么？
图 ...

谢谢sob的回复。1. 主要讨论的是激发前后弱相互作用的变化，即电子激发对弱相互作用（主要是氢键）的影响及动力学行为 2. 基态和激发态是分别优化的，激发态建立在基态优化构型的基础上 3. 考察激发态时主要是键长等结构变化，红外光谱、分子轨道分析等。激发态密度没有讨论过？这个概念怎样定义？想要做激发前后分子内或分子间电荷转移的形象描述，目前没有很好的方法，区域内Mulliken charge变化显得不够有说服力。图片已经保存为jpg或png格式，还请sob给指点下。本身是学化学的，对这些内容看起来有些吃力，还好有sob的手册指导，操作简捷明了，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-25 10:35
用Multiwfn考察激发前后电荷转移的密度差图（手册4.18.3节）、用Multiwfn做电子-空穴分析（见手册4.18.1节）。原子电荷也行，但Mulliken这种比较烂的布居方法尽量别用，可以用Hirshfeld、NPA、ADCH。

对激发态做RDG分析，一方面是先优化激发态，另一方面要用TD(root=x) density out=wfn或wfx，以把第x激发态的自然轨道写入wfn/wfx文件中，这样分析的才是激发态的密度。否则不写denisty的话程序可能只是将基态密度写入wfn/wfx文件中，这样结果就不太合理了。

从图上看，激发态下分子间弱相互作用程度增加了，等值面面积加大。从spike上看，负值部分的spike一定程度上往更负方向移动，故也有强度增强趋势。

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-25 11:03
本帖最后由 HERO 于 2015-10-25 11:05 编辑

sobereva 发表于 2015-10-25 10:35
用Multiwfn考察激发前后电荷转移的密度差图（手册4.18.3节）、用Multiwfn做电子-空穴分析（见手册4.18.1节 ...

万分谢谢sob的回复，有种豁然开朗的感觉，有问题再想您请教。呵呵紧张学习中。。。

作者
Author: lao7 时间: 2015-10-25 12:05
H..O之间，H..H，和H..C-OH之间的弱引力. 可以看看我第一次做的图，现在看还有待提高，但还是比你做的好些，毕竟你这个体系很简单！
https://www.researchgate.net/pub ... tic_Resistant_Genes

作者
Author: HERO 时间: 2015-10-25 15:12

lao7 发表于 2015-10-25 12:05
H..O之间，H..H，和H..C-OH之间的弱引力. 可以看看我第一次做的图，现在看还有待提高，但还是比你做的好些 ...

谢谢lao7，比我做的好太多了。

文献已下载，正在哇哇学习中。

作者
Author: xxzj 时间: 2019-5-18 16:37

sobereva 发表于 2015-10-22 22:17
这种图没什么用，应该作sigma(lambda2)rho填色的RDG等值面图，见手册4.100.1节或者
使用Multiwfn图形化研 ...

老师，一般方法都是计算两个分子间的相互作用，我想请问一下，如何计算单分子的分子内两个原子间的相互作用呢，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-18 16:51

xxzj 发表于 2019-5-18 16:37
老师，一般方法都是计算两个分子间的相互作用，我想请问一下，如何计算单分子的分子内两个原子间的相互作 ...

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

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