标题: 请问ReaxFF模拟出来的轨迹为什么在VMD中显示不了氢键 [打印本页] 作者Author: li447fan 时间: 2020-9-28 21:14 标题: 请问ReaxFF模拟出来的轨迹为什么在VMD中显示不了氢键 1、把轨迹保存成了pdb文件和gro文件，都没有正确显示出来氢键，representations中的设置如图1；且利用extensions-analysis-hydrogenbonds时，会出现list element in braces followed by ":" instead of space list element in braces followed by ":" instead of space while executing "llength $title"那一串error。截距设置4.0，角度设置40度也不可以。请问如何解决呢？
2、是否可以只显示某一帧的氢键呢？因为reaxff模拟出来的轨迹在VMD中键连关系比较混乱，所以保存图片时，希望以某一固定结构时刻的氢键作为示意图，比如一个xyz结构文件的氢键图显示。（pdb文件和gro文件太大了，几个G，不能上传）