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标题: 请问MD模拟是不是时间越长越好？大概 [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-29 09:22
标题: 请问MD模拟是不是时间越长越好？大概
请问 QM/MM之前的MD模拟是不是时间越长越好？大概要模拟多久？如果单纯跑MD又要模拟多久呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-9-29 09:34
理论上当然是越长越好

具体模拟多久要看你想要模拟的"事件"的发生时间，比如水分子间的结合和解离就是ps时间尺度的事件

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2020-9-29 10:39
2楼的回复我稍微补充一下增长了时间也要注意输出时候的采样数量。别因为模拟时间长也就采样输出的间隔也就拉长从而错过一些重要信息。当然胞内样品多了从统计上来看我这个补充没啥意义。

作者
Author: wyb 时间: 2020-9-29 10:42
注意对构象空间的分析

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-29 11:53
不说具体研究什么问题，说需要跑多长时间根本就是毫无意义的
诸如模拟纯水性质几百ps足矣，而模拟蛋白质折叠甚至需要跑到毫秒尺度

作者
Author: hyr95 时间: 2020-9-30 10:09

sobereva 发表于 2020-9-29 11:53
不说具体研究什么问题，说需要跑多长时间根本就是毫无意义的
诸如模拟纯水性质几百ps足矣，而模拟蛋白质折 ...

想做QM/MM，在这之前要做个MD，所以想问一下模拟的时间问题

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-30 19:20

hyr95 发表于 2020-9-30 10:09
想做QM/MM，在这之前要做个MD，所以想问一下模拟的时间问题

如果研究的是平衡状态，先跑个5ns看看RMSD曲线，花不了什么时间。如果不够，之后再续跑

作者
Author: hyr95 时间: 2020-10-4 15:47

sobereva 发表于 2020-9-30 19:20
如果研究的是平衡状态，先跑个5ns看看RMSD曲线，花不了什么时间。如果不够，之后再续跑

谢谢老师

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