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标题: 求助：请问如何在NAMD的conf文件里加余弦电场？ [打印本页]

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-9-29 13:19
标题: 求助：请问如何在NAMD的conf文件里加余弦电场？
目前我在conf文件里加的是静电场如图为0.1V/nm，请问如何修改conf文件达到把这个电场变成余弦的交流电呢?

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-9-29 16:25
efield aaa aaa aaa
run 10000
efield bbb bbb bbb
run 10000
efield ccc ccc ccc
run 10000

你只要efield按余弦变化设置就行了，当然你可以写一个循环完成这个事情

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-9-29 20:07

fhh2626 发表于 2020-9-29 16:25
efield aaa aaa aaa
run 10000
efield bbb bbb bbb

您好，请问可以具体举个例子吗？我还是没太明白，比如我想加x方向0.5V/nm的交流电该怎么实现？万分感激！

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-9-30 09:56

枝昂昂昂发表于 2020-9-29 20:07
您好，请问可以具体举个例子吗？我还是没太明白，比如我想加x方向0.5V/nm的交流电该怎么实现？万分感激！

比如
efield 1 0 0
run 10000
efield -1 0 0
run 10000
efield 1 0 0
run 10000
efield -1 0 0

这就是一个方波类型的交流电
你想要什么形状，什么频率的交流电就调efield和run就行了

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-10-18 14:29

fhh2626 发表于 2020-9-30 09:56
比如
efield 1 0 0
run 10000

老师你好这是我写的循环：
eField 0.23 0.0 0.0
for {set i 0} {$i < 20} {incr i} {
      if {$i % 2 == 0} {
            eField 0.23 0.0 0.0
            run 25000
      } else {
            eField -0.23 0.0 0.0
            run 25000
      }
}

可是运行不了运行错误显示：
Reason: FATAL ERROR: ERROR(S) IN THE CONFIGURATION FILE

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: ERROR(S) IN THE CONFIGURATION FILE
请问问题出在哪里？该怎么修改？多谢！

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-10-18 21:15

枝昂昂昂发表于 2020-10-18 14:29
老师你好这是我写的循环：
eField 0.23 0.0 0.0
for {set i 0} {$i < 20} {incr i} {

你要把完整的出错信息贴上来我才能看出来问题出在哪里

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-10-19 15:15

fhh2626 发表于 2020-10-18 21:15
你要把完整的出错信息贴上来我才能看出来问题出在哪里

老师，我想设置的是50W步内震荡10次的模拟，可是我的结果确实100W步，可以教教我怎么修改吗？
下面是我的CONF文件
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                        ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of
# Ubiquitin in a Water Box

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
#############################################################

structure       /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/1bbl.psf
coordinates    /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/1bbl.pdb

set temperature 310
set outputname    eq

firsttimestep    0

# continuing a run
set inputname /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/min/min  ;#only need to edit this in one place!
bincoordinates $inputname.coor ;# coordinates from last run (binary)
#binvelocities  $inputname.vel    ;# velocities from last run (binary)
extendedSystem $inputname.xsc    ;# cell dimensions from last run

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm       on
parameters       /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/par_all27_prot_lipid.inp
temperature       $temperature

# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist       10.0
pairlistdist       14.0

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 53.674 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 53.991  0.0
cellBasisVector3    0.0 0    51.618
cellOrigin       -5.023  2.199  -0.741

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSpacing    1.0

#manual grid definition
PMEGridSizeX    64
PMEGridSizeY    64
PMEGridSizeZ    64

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no
useConstantArea    no

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay 50.0
langevinPistonTemp $temperature


# Output
outputName       $outputname

restartfreq       2000 ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq          2000
xstFreq          2000
outputEnergies    2000
outputPressure    2000

#Elect field
eFieldon    yes
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    1.38 0.0 0.0
run 25000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 25000
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################
# Minimization

reinitvels $temperature
run 500000

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-10-19 17:12
reinitvels $temperature
run 500000

这两句删了

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-10-19 20:04

fhh2626 发表于 2020-10-19 17:12
reinitvels $temperature
run 500000

谢谢老师倒数第二句是什么意思啊？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-10-20 10:08

枝昂昂昂发表于 2020-10-19 20:04
谢谢老师倒数第二句是什么意思啊？

将原子速度初始化为你设置的温度

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