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标题: gaussian安装出现错误 [打印本页]
作者
Author: youshoubian2015    时间: 2015-10-23 11:39
标题: gaussian安装出现错误
gaussian安装出现错误/home/dai/home/litao/g09/bsd/g09.profile: line 43: gau-machine: command not found
No executable for file l1.exe. Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/dai/home/litao/g09"
我的.bashrc为

# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
##################################################################
# for Gaussian.09
export g09root=/home/dai/home/litao/g09
source $g09root/bsd/g09.profile
export GAUSS_EXEDIR=$g09root
export GAUSS_SCRDIR=/home/dai/home/litao/g09/scratch
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/
export PATH=$g09root/:$PATH
#export g09root  GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/
##################################################################
其中scratch文件夹是我自己建的，用于存储临时文件
下边是我提交任务的脚本
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -N  1
#PBS -l walltime=1680:00:00
#PBS -l cput=1680:00:00
#PBS -q smallmem
cd $PBS_O_WORKDIR
echo `cat $PBS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes
/home/dai/home/litao/g09/g09< 1.gjf
我想问一下问题出现在哪？

作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-10-23 11:42
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-10-23 11:44 编辑

g09root应该不带“g09”把，比如我的是/home/gauuser。

另外注意设置g09文件夹的权限是0770


作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-23 11:48
g09root没设对，应当设为g09所在目录，而不是g09目录本身

参考
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作者
Author: youshoubian2015    时间: 2015-10-23 12:06
我修改成这样对吗？
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
##################################################################
# for Gaussian.09
export g09root=/home/dai/home/litao
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_EXEDIR=$g09root
export GAUSS_SCRDIR=/home/dai/home/litao/g09/scratch
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/
export PATH=$g09root/:$PATH
#export g09root  GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/
##################################################################
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-10-23 12:12
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-10-23 12:14 编辑
youshoubian2015 发表于 2015-10-23 12:06
我修改成这样对吗？
# .bashrc

模仿Sob说的写，为什么要搞这么多行没用的。
对不对试试不就完了，有问题了再问。
  1. g09root=/home/gauuser
  2. GAUSS_SCRDIR=/home/gauuser/g09/scratch
  3. export g09root GAUSS_SCRDIR
  4. . $g09root/g09/bsd/g09.profile
复制代码


作者
Author: youshoubian2015    时间: 2015-10-23 14:29
谢谢
作者
Author: zwzeng    时间: 2021-12-31 22:54
youshoubian2015 发表于 2015-10-23 14:29
谢谢

你好，我想请问下你的问题解决lemeiyou ，我也遇到了相似的问题。
错误信息：No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/zwzeng"
: No such file or directory
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 00007fff0b36e5d0, rcx 0000151fdf13c67b
   rdx 0000000000000000, rsp 00007fff0b36e5a8, rbp 00007fff0b37aec0
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000002d05, r8  0000151fdf4c6860
   r9  0000151fdfc89d80, r10 0000000000000006, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000400, r13 00007fff0b37a2c0, r14 00007fff0b376620
   r15 00007fff0b37a2c0
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)
.bashrc 内容：
export g09root=/home/zwzeng
export GAUSS_SCRDIR=/home/zwzeng/g09/scratch
source /home/zwzeng/g09/bsd/g09.profile
作者
Author: sobereva    时间: 2022-1-1 01:22
zwzeng 发表于 2021-12-31 22:54
你好，我想请问下你的问题解决lemeiyou ，我也遇到了相似的问题。
错误信息：No executable for file l1 ...

确保.bashrc改完之后重新进入了终端，并且/home/zwzeng/g09/bsd/g09.profile文件确实存在。如果能确保，仔细看此文件里的环境变量设置信息搞清楚是怎么回事。如果.bashrc里路径没写错，g09.profile文件没有被自己改过，而且.bashrc里没有其它多余的配置信息，理应不会有这种情况。
作者
Author: xxr    时间: 2022-8-17 12:46
zwzeng 发表于 2021-12-31 22:54
你好，我想请问下你的问题解决lemeiyou ，我也遇到了相似的问题。
错误信息：No executable for file l1 ...

您好！请问您的问题解决了吗？我也遇到类似的问题
No executable for file l1.exe.Search path GAUSS_EXEDIR is "": No such file or directory
.bashrc 内容
export g16root=/home/liyutian
export GAUSS_SCRDIR=/home/liyutian/g16/scratch
source /home/liyutian/g16/bsd/g16.profile
不同的是，这个报错只在用qsub提交命令时出现，如果直接在shell里用g16 < test.gjf 可以正常运行
PBS脚本为：
#!/bin/bash -l
#PBS -l nodes=1:ppn=32
#PBS -m abe
#PBS -l walltime=96:00:00
#PBS -o logs.out
#PBS -e logs.err
nodecup=`cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l`
id=`echo $PBS_JOBID|awk -F. '{print $1}'`
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "job id is $id"
echo "work dir is $PBS_O_WORKDIR"
echo "on hosts: "
cat $PBS_NODEFILE
if [ $NP -lt $nodecup ]; then
    sharecpu=$NP
elif [ $(($NP%$nodecup))==0 ];then
    sharecpu=$nodecup
else
    echo "if cpu number is larger than $nodecup,"
    echo "it should be diviede by $nodecup exactly "
    exit -1
fi

cd "$PBS_O_WORKDIR"
/home/liyutian/g16/g16 < test.gjf > test.out &
作者
Author: zjxitcc    时间: 2022-8-17 13:40
xxr 发表于 2022-8-17 12:46
您好！请问您的问题解决了吗？我也遇到类似的问题
No executable for file l1.exe.Search path GAUSS_EX ...

尝试：把三行高斯环境变量写进PBS脚本（放在执行g16之前），然后把/home/liyutian/g16/g16 < test.gjf > test.out &改成g16 test.gjf
作者
Author: xxr    时间: 2022-8-18 09:45
zjxitcc 发表于 2022-8-17 13:40
尝试：把三行高斯环境变量写进PBS脚本（放在执行g16之前），然后把/home/liyutian/g16/g16 < test.gjf >  ...

按照您的方法问题已经成功解决，谢谢您
作者
Author: ra2123456    时间: 2024-4-15 10:34
liyuanhe211 发表于 2015-10-23 11:42
g09root应该不带“g09”把，比如我的是/home/gauuser。

另外注意设置g09文件夹的权限是0770

正解了，感谢，只要把“export g09root=/home/dai/home/litao/g09”最末端的“g09”删除即可，g16同理
作者
Author: zlisa    时间: 2024-9-29 10:09
ra2123456 发表于 2024-4-15 10:34
正解了，感谢，只要把“export g09root=/home/dai/home/litao/g09”最末端的“g09”删除即可，g16同理

你好请问您的问题解决了吗？如果是win版的应该怎么解决呀？
作者
Author: zlisa    时间: 2024-9-29 10:12
sobereva 发表于 2022-1-1 01:22
确保.bashrc改完之后重新进入了终端，并且/home/zwzeng/g09/bsd/g09.profile文件确实存在。如果能确保， ...

sob老师您好，请问win版的该怎么解决呀？
报错内容：
Running Gaussian: "D:\G16W\g16.exe" gau.gjf gau.out
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is ""
: No such file or directory
Error: Single point calculation did not normally terminated!
作者
Author: sobereva    时间: 2024-9-30 01:25
zlisa 发表于 2024-9-29 10:12
sob老师您好，请问win版的该怎么解决呀？
报错内容：
Running Gaussian: "D:\G16W\g16.exe" gau.gjf ga ...

设置GAUSS_EXEDIR环境变量，下文说了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
作者
Author: zlisa    时间: 2024-10-30 14:43
sobereva 发表于 2024-9-30 01:25
设置GAUSS_EXEDIR环境变量，下文说了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsc ...

收到！很久没登陆了，刚看到老师的回复，问题已经解决啦，谢谢老师！！~



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