计算化学公社

标题: 求助:周期性边界条件下分子质心的计算 [打印本页]

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-10-2 18:41
标题: 求助:周期性边界条件下分子质心的计算
各位前辈及sob老师好:

我想计算gromacs在PBC条件下轨迹的分子质心以便用于后续的距离分析,但是对于边界处的分子因为PBC的引入而造成断裂,想请教一下这种情况下该怎么写程序计算分子质心的坐标呢?如果用补全的分子计算的话,到底取哪部分做基准呢?如果得到的分子质心在盒子外呢?

真诚地谢谢各位老师~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-2 23:25
trjconv接-pbc mol处理一下轨迹，保持分子完整就行了

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-10-3 15:03

sobereva 发表于 2020-10-2 23:25
trjconv接-pbc mol处理一下轨迹，保持分子完整就行了

好的,谢谢sob老师

作者
Author: zhengyuchuan 时间: 2020-10-21 11:51
你好，想请教一下你是使用的什么命令计算的分子质心的位置呀，我看到gmx distance可以计算两个分子质心间的距离。我希望输出某一帧中每一个残基质心的位置，想请教一下应该使用哪个命令呢

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-10-21 12:34
本帖最后由北京的大猫于 2020-10-21 12:37 编辑

zhengyuchuan 发表于 2020-10-21 11:51
你好，想请教一下你是使用的什么命令计算的分子质心的位置呀，我看到gmx distance可以计算两个分子质心间的 ...

您好,我是用自己写的C语言代码处理的.残基质心的坐标公式r=sum{m(i)*r(i)}/sum{m(i)}, i 代表残基中的原子,另外,VMD据说也可以给出质心,不过我没有试过.
不知道该回答能不能帮到你.祝好运!

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 13:56

zhengyuchuan 发表于 2020-10-21 11:51
你好，想请教一下你是使用的什么命令计算的分子质心的位置呀，我看到gmx distance可以计算两个分子质心间的 ...

用VMD脚本最省事。在这个脚本基础上稍微一改就有了
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Author: 北京的大猫 时间: 2021-4-6 20:57
本帖最后由北京的大猫于 2021-4-6 20:58 编辑

sobereva 发表于 2020-10-2 23:25
trjconv接-pbc mol处理一下轨迹，保持分子完整就行了

sob老师,最近关于gmx trjconv -pbc mol 和 -pbc res 的两个选项有个疑问, -mol 是处理分子的,-res 是对残基进行处理的,
对于采用itp文件构建力场参数来模拟小分子,我发现经过两个选项分别得到的pdb文件中的原子坐标是一样的.但对于采用rtp文件构建小分子的力场的方法,两个选项得到的原子坐标在某个方向会差一个盒子的长度,sob老师的讲义上说如果分子或者残基的质心越过盒子,就将分子或者残基移动到另一头,对于res和mol两种选项不应该得到的坐标一致吗?或者说在rtp下是不是该用res更为稳妥呢?
问题有点啰嗦,请sob老师见谅,谢谢sob老师.

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-6 21:03

北京的大猫发表于 2021-4-6 20:57
sob老师,最近关于gmx trjconv -pbc mol 和 -pbc res 的两个选项有个疑问, -mol 是处理分子的,-res 是对残 ...

残基和分子的含义明显是不等同的
虽然往往一个残基也可以对应一个分子，但多个残基通过化学键相连，分子就是对整体而言的

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2021-4-7 08:38
本帖最后由北京的大猫于 2021-4-7 09:01 编辑

sobereva 发表于 2021-4-6 21:03
残基和分子的含义明显是不等同的
虽然往往一个残基也可以对应一个分子，但多个残基通过化学键相连，分子 ...

谢谢sob老师,如果模拟小分子时,采用像模拟聚合物构建力场文件的方法,在rtp文件中添加残基名称,在其他力场文件中添加成键\非键参数,那么这时这个小分子就可以看做残基,在利用gmx进行数据后处理分析时(比如 gmx rdf)可以按残基方式,如果对小分子直接构建itp文件的方式来构建力场文件,这时可以看做一个完整的分子,可以使用mol这样类似的命令,不知道我理解对不对?
还是说,不论模拟时力场是怎样构建的,mol就是整体分子,res就是针对残基,所以在分析小分子时,应该采用mol这个参数?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-8 01:12

北京的大猫发表于 2021-4-7 08:38
谢谢sob老师,如果模拟小分子时,采用像模拟聚合物构建力场文件的方法,在rtp文件中添加残基名称,在其他力场 ...

mol就是整体分子，res就是针对残基。如果一个小分子对应一个独立的残基号，用res亦可

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2021-4-8 09:08

sobereva 发表于 2021-4-8 01:12
mol就是整体分子，res就是针对残基。如果一个小分子对应一个独立的残基号，用res亦可

嗯嗯,谢谢sob老师~

作者
Author: xjtu_zk 时间: 2023-8-15 15:36

sobereva 发表于 2020-11-1 13:56
用VMD脚本最省事。在这个脚本基础上稍微一改就有了

sob老师，这个脚本是不没有考虑周期性边界条件的影响？
我想统计距离A分子质心一定范围内B分子的数量，但是发现vmd里没有选择分子质心的语句。只能自己计算质心后统计，但是得到质心后又不清楚怎么考虑周期性边界条件，vmd的选择语句里是有within和pbwithin的，自己写脚本应该怎么实现呢？
希望sob老师能赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-16 07:42

xjtu_zk 发表于 2023-8-15 15:36
sob老师，这个脚本是不没有考虑周期性边界条件的影响？
我想统计距离A分子质心一定范围内B分子的数量， ...

定义一个命令，用于计算两个坐标之间考虑周期性时的最近距离。比如B相对于A的最近距离，计算时就把B按照晶格矢在当前晶胞周围的26个方向分别移动一次然后计算与A的距离，取最小值

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