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标题: PSI4做能量分解报错求助 [打印本页]

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2020-10-2 20:50
标题: PSI4做能量分解报错求助
本帖最后由小西瓜123 于 2020-10-3 15:40 编辑

各位老师，我用PSI4做能量分解计算报错了，体系是两个分子，一个分子60个原子，一个分子68个原子，用的铜水平计算的inp文件。报错信息如下：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/lcc09/chenwl/psi4/bin/psi4", line 287, in <module>
exec(content)
  File "<string>", line 157, in <module>
  File "/home/lcc09/chenwl/psi4/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 556, in energy
wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/home/lcc09/chenwl/psi4/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3404, in run_sapt
e_sapt = core.sapt(dimer_wfn, monomerA_wfn, monomerB_wfn)

RuntimeError:
Fatal Error: PSIO Error
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1557940846948/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 128
The most recent 5 function calls were:

psi::PSIO::rw(unsigned long, char*, psi::psio_address, unsigned long, int)

Printing out the relevant lines from the Psithon --> Python processed input file:
""","dimer")
core.IO.set_default_namespace("dimer")
core.set_global_option("SCF_TYPE", "DF")
core.set_global_option("FREEZE_CORE", "True")
core.set_global_option("BASIS", "jun-cc-pVDZ")
--> energy('sapt0')

Psi4 stopped on: Friday, 02 October 2020 04:31PM
Psi4 wall time for execution: 3:29:55.72

*** Psi4 encountered an error. Buy a developer more coffee!
*** Resources and help at github.com/psi4/psi4.

安装教程是按照http://sobereva.com/526这个帖子安装的
计算核心的相关信息是AMD 锐龙 9 3950X处理器 (r9)7nm 3.5GHz CPU, 16 核 32线程; 32GB内存，500GB 固态硬盘，4TB数据硬盘。
请问老师们这个应该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-2 23:24
上传完整输出文件

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2020-10-3 15:40

sobereva 发表于 2020-10-2 23:24
上传完整输出文件

老师，完整输出文件已上传

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-3 20:05
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外，memory给得太小了，尽量多给点（PS：当前这机子拿来做量化计算起码得64GB内存）

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2020-10-3 20:12

sobereva 发表于 2020-10-3 20:05
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外，memory给得太小了，尽量多给点（PS：当前这机 ...

谢谢老师，我试试

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2020-10-4 21:24

sobereva 发表于 2020-10-3 20:05
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外，memory给得太小了，尽量多给点（PS：当前这机 ...

老师您好，我把inp文件里的mem改到了48g，还是报一样的错，我用free -h 看了内存还有51g，这种情况应该怎么解决呢？

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2020-10-7 15:31

sobereva 发表于 2020-10-3 20:05
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外，memory给得太小了，尽量多给点（PS：当前这机 ...

老师，我刚刚再看输出文件的时候发现有个500mb的memory，请问这个500mb在哪里可以把他修改大一点呢    PSIDATADIR: /home/lcc09/chenwl/psi4/share/psi4
Memory:    500.0 MiB
Threads: 24

  ==> Input File <==

--------------------------------------------------------------------------
memory 16gb

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-7 17:01
本帖最后由喵星大佬于 2020-10-7 17:02 编辑

小西瓜123 发表于 2020-10-7 15:31
老师，我刚刚再看输出文件的时候发现有个500mb的memory，请问这个500mb在哪里可以把他修改大一点呢 P ...

输入的.inp文件第一行。你用free -h看的是用了多少，当前计算用不到那么多你设置了也不会去用。

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2020-10-7 20:56

喵星大佬发表于 2020-10-7 17:01
输入的.inp文件第一行。你用free -h看的是用了多少，当前计算用不到那么多你设置了也不会去用。

我free -h看的的时候可用内存比我设置的大，因为我的体系比较大，之前就报错了，所以sob老师看了输出文件后让我设置了大内存，但是输出文件中有一个是我设置的大内存，有一个是500Mib，我再想是不是500mib这个太小了，可是我没有看到哪里可以修改500mib这个参数呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-10 00:44

小西瓜123 发表于 2020-10-7 20:56
我free -h看的的时候可用内存比我设置的大，因为我的体系比较大，之前就报错了，所以sob老师看了输出文件 ...

KMP_STACKSIZE环境变量

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