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标题: nanopore跑nvt后box压强过高，请问如何只计算孔内液体压强？ [打印本页]

作者
Author: benzon222 时间: 2020-10-3 01:13
标题: nanopore跑nvt后box压强过高，请问如何只计算孔内液体压强？

准备用GEMC来模拟充满液体的nanopre吸收CO2,但是由于没办法找到合适的孔内的液体分子数量，总造成CO2吸收的不足或者过剩。所以打算将微孔内液体relax到1bar，然后再进行GEMC。但是在gromacs中，energy分析的压强总是包含墙体，造成压强巨大，以下是空白墙体的gromacs压强分析：

Energy Average Err.Est. RMSD Tot-Drift

-------------------------------------------------------------------------------

Pressure 5.4618e+07 0.35 0.237624 -0.144071 (bar)

Pres-XX 8.26902e+07 0 0.158416 0.0960474 (bar)

Pres-YY 8.11628e+07 0 0 0 (bar)

Pres-ZZ 948.751 -- 3.62585e-06 2.19835e-06 (bar)

(, 下载次数 Times of downloads: 21)

尝试使用Gromacs-ls进行z方向的stress profile，但是效果不是很好，可能是没完全掌握用法。

请问除了从压强分析中减去这个空白墙体压强来获得孔内液体压强，有什么方法可以只计算液体压强，或者不计算墙体压强吗？

非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-3 20:47
把墙体设为mdp里的energygrp-excl组试试

作者
Author: benzon222 时间: 2020-10-5 06:26

sobereva 发表于 2020-10-3 20:47
把墙体设为mdp里的energygrp-excl组试试

谢谢老师！使用enegygrp-excl 需要将cutoff-scheme改成Group, 且只能单核运行。不过对我来说已经十分够用了！感谢！

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