计算化学公社

标题: 求助 gromacs npt 求助（Warning: pressure scaling more than 1%） [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-10-4 11:42
标题: 求助 gromacs npt 求助（Warning: pressure scaling more than 1%）
我在跑一个溶剂盒子，将近1000个溶剂分子，opls-aa力场。298K下先跑完一个nvt，然后跑同温，一个大气压下的npt，但是出现：

Step 340  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.45093 1.45093 1.45093

Step 345  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 0.82104 0.82104 0.82104
./4-run-npt-after-nvt.sh: line 50: 48508 Segmentation fault    gmx_mpi mdrun -deffnm npt

这样的问题。

请问应该怎么解决呢？

谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-4 14:25
把tau_p设大，减弱压浴效果再试，这样可以让盒子尺寸变得更缓慢。

作者
Author: hanlu 时间: 2023-9-22 22:02

sobereva 发表于 2020-10-4 14:25
把tau_p设大，减弱压浴效果再试，这样可以让盒子尺寸变得更缓慢。

老师，我也遇到了这种情况，我把tau_p设成2.0，不过开始 Pcoupl = Berendsen，一直出现这个报错，最后改成 Parrinello-Rahman，这个报错问题解决了。
但是对于尚未平衡好的系统使用Parrinello-Rahman，会更容易出现这个报错，而我是改用Parrinello-Rahman则没有报错，老师，这是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-23 05:36

hanlu 发表于 2023-9-22 22:02
老师，我也遇到了这种情况，我把tau_p设成2.0，不过开始 Pcoupl = Berendsen，一直出现这个报错，最后改 ...

8成只是巧合
PR压浴用于压力还在有整体变化的阶段容易出现不合理的震荡
也可以用gmx 2021开始加入的C-rescale压浴，是目前原理上最好的压浴，可以代替Berendsen+PR的常用组合

作者
Author: hanlu 时间: 2023-9-23 08:54

sobereva 发表于 2023-9-23 05:36
8成只是巧合
PR压浴用于压力还在有整体变化的阶段容易出现不合理的震荡
也可以用gmx 2021开始加入的C-r ...

好的，谢谢老师，我试试

作者
Author: 一条君 时间: 2024-4-5 20:26
本帖最后由一条君于 2024-4-6 00:17 编辑

sobereva 发表于 2023-9-23 05:36
8成只是巧合
PR压浴用于压力还在有整体变化的阶段容易出现不合理的震荡
也可以用gmx 2021开始加入的C-r ...

老师，请问相同的结构文件和mdp文件（运行机器不同，笔记本/服务器），Berendsen+Parrinello-Rahman的常用组合，为什么笔记本的gmx2018版运行中没有任何提示，顺利结束，但是服务器2023版Berendsen时就需要调小步长（1fs到0.5fs）、-np 1才不崩溃，并且之后一直提示Warning: pressure scaling more than 1%；Parrinello-Rahman均为1fs步长，2023版也是一直提示Warning: pressure scaling more than 1%

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-5 22:12

一条君发表于 2024-4-5 20:26
老师，请问相同的结构文件和mdp文件（运行机器不同，笔记本/服务器），Berendsen+PR的常用组合，为什么笔 ...

尝试2023里改成更普适的c-rescale热浴

“PR均为1fs步长” PR指代不明

作者
Author: 一条君 时间: 2024-4-6 00:15

sobereva 发表于 2024-4-5 22:12
尝试2023里改成更普适的c-rescale热浴

“PR均为1fs步长” PR指代不明

老师，翻了一下论坛和手册，没有看到C-rescale压浴推荐的常用的时间常数，tau_p ，老师推荐多少呢，以及C-rescale压浴有什么注意事项吗，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-6 00:27

一条君发表于 2024-4-6 00:15
老师，翻了一下论坛和手册，没有看到C-rescale压浴推荐的常用的时间常数，tau_p ，老师推荐多少呢，以及C ...

近几届的北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的课上讲过

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