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标题: 激发态分子内质子转移,用RDG表示氢键，但是没有尖峰与之对应的问题 [打印本页]

作者
Author: 清清月 时间: 2020-10-5 09:19
标题: 激发态分子内质子转移,用RDG表示氢键，但是没有尖峰与之对应的问题
用Multiwfn做RDG图但是没有羟基与相邻氮原子的对应的分子内氢键尖峰，这是什么原因呢？

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-5 10:59
-0.01的那个是啥

作者
Author: 清清月 时间: 2020-10-5 11:19
本帖最后由清清月于 2020-10-5 11:51 编辑

biogon 发表于 2020-10-5 10:59
-0.01的那个是啥

文献里分子内氢键的尖峰都在-0.02以左啊，-0.02-0.01这个范围表示范德华力吧是不是H和N距离太近了默认为成键了在VMD里作等值面图就是O H N成一个环连在一起了有什么办法破解吗

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-5 12:17

清清月发表于 2020-10-5 11:19
文献里分子内氢键的尖峰都在-0.02以左啊，-0.02-0.01这个范围表示范德华力吧是不是H和N距离太近了默认 ...

拿出来等值面图看看

作者
Author: 清清月 时间: 2020-10-5 14:43

biogon 发表于 2020-10-5 12:17
拿出来等值面图看看

我回复不了图片啊要我选择图片地址是咋回事

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-5 15:33

清清月发表于 2020-10-5 14:43
我回复不了图片啊要我选择图片地址是咋回事

高级模式上传图片

作者
Author: 清清月 时间: 2020-10-5 17:11
氧氢氮连在一起了

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Author: biogon 时间: 2020-10-5 20:57

清清月发表于 2020-10-5 17:11
氧氢氮连在一起了

这看来是原子太近了，没发现有弱相互作用

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Author: sobereva 时间: 2020-10-5 23:28
8成是H与N之间电子密度超过了RDG_maxrho
把settings.ini里RDG_maxrho设为更大的值诸如0.1再试

并且仔细看
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）

作者
Author: 清清月 时间: 2020-10-6 09:43

sobereva 发表于 2020-10-5 23:28
8成是H与N之间电子密度超过了RDG_maxrho
把settings.ini里RDG_maxrho设为更大的值诸如0.1再试

确实是您说的那样已经解决了感谢

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