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标题: 求助：分数占据较多的cif结构如何调整成为可以计算的有效结构？ [打印本页]

作者
Author: Penson 时间: 2020-10-6 11:34
标题: 求助：分数占据较多的cif结构如何调整成为可以计算的有效结构？
如题，在CCDC下载的很多晶体结构，特别是原子数比较多的结构，其分数占据情况十分严重（如下图），常常有三分之一的原子相互之间无法区分位置信息。发现自己调整cif结构的原子间键长起不到什么左右。遇到这种情况，请问各位大佬如何解决？希望不吝赐教，谢谢！
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作者
Author: indec 时间: 2020-10-6 11:53
在 mercury 里打开导出成 res 文件，然后用 OLEX2 打开后，生成 ins 文件，手动修改 ins 文件里各个原子的占有率后精修出新的 cif 文件。必要时，再使用 VESTA 手动修改空间群，以降低对称性来规避对称性无序。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-10-7 21:34
如果真的本来就是无序结构，有分数占位，这种体系即便转换成cif也没法直接用。要么用超胞来反映这种分数占据，可是可能的构象有太多；要么使用虚晶近似，但是对于某些位点的成分几种元素加起来也不是100%的话，也没办法使用。

作者
Author: Penson 时间: 2020-10-8 10:44

indec 发表于 2020-10-6 11:53
在 mercury 里打开导出成 res 文件，然后用 OLEX2 打开后，生成 ins 文件，手动修改 ins 文件里各个原子的 ...

很详细，十分感谢

作者
Author: Penson 时间: 2020-10-8 10:45

卡开发发发表于 2020-10-7 21:34
如果真的本来就是无序结构，有分数占位，这种体系即便转换成cif也没法直接用。要么用超胞来反映这种分数占 ...

应该不是无序结构，基本都是周期性晶体结构

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-10-8 11:25
本帖最后由卡开发发于 2020-10-8 11:35 编辑

Penson 发表于 2020-10-8 10:45
应该不是无序结构，基本都是周期性晶体结构

有分数占据严格来说就已经不算是有序体系了，只是沿用周期模型去描述而已。举个例子，比如把Cu晶格的某个Cu位点换成Pt/Cu各自为50%，这个模型就表示这个位点Pt和Cu出现的概率均为50%，但不一定是有序的，所以有时候才用超胞来描述单胞被杂质原子破坏平移对称性之后的模型，当然这样研究的困难就是即便各自是50%其实原子分布的可能性依然有很多种。

作者
Author: Penson 时间: 2020-10-9 11:49

卡开发发发表于 2020-10-8 11:25
有分数占据严格来说就已经不算是有序体系了，只是沿用周期模型去描述而已。举个例子，比如把Cu晶格的某个 ...

了解，受教了

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