计算化学公社

标题: 金属蛋白动力学模拟结果显示问题求助 [打印本页]

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-6 16:25
标题: 金属蛋白动力学模拟结果显示问题求助
请问一下，金属蛋白在进行动力学模拟时的结构中，两个钙离子display以后连在一起显示棒状，会对后面的结果产生影响么？这种该怎么处理呢？
还有对金属进行距离限制时，在模拟的每一步mdp文件中都需要加disre等一系列参数，还是只在最后一步模拟mdp中加入disre？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-7 00:27
应当说清楚用的什么可视化程序
可视化程序里看到的是什么连接关系和你的实际计算没有直接联系，影响实际计算的是拓扑文件里的内容。当前体系完全不需要加距离限制。另外距离限制是体现在拓扑文件里的而不是体现在mdp里的。

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-8 09:35

sobereva 发表于 2020-10-7 00:27
应当说清楚用的什么可视化程序
可视化程序里看到的是什么连接关系和你的实际计算没有直接联系，影响实际计 ...

嗯嗯，好的，谢谢sob老师，我以后会注意的

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-9 11:15

sobereva 发表于 2020-10-7 00:27
应当说清楚用的什么可视化程序
可视化程序里看到的是什么连接关系和你的实际计算没有直接联系，影响实际计 ...

sob老师，运行md时，我在topol.top文件中加入了距离限制，但不知道这样写是否正确有效，只出现如图所示的NOTE，请问一下这样写是否正确，出现这种提示该如何处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-10 03:48

琦锅锅发表于 2020-10-9 11:15
sob老师，运行md时，我在topol.top文件中加入了距离限制，但不知道这样写是否正确有效，只出现如图所示的 ...

不用管这note
你的mdp里没用define = -DDISRES，拓扑文件里的距离限制字段根本不生效

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-10 09:33

sobereva 发表于 2020-10-10 03:48
不用管这note
你的mdp里没用define = -DDISRES，拓扑文件里的距离限制字段根本不生效

嗯嗯，好的，谢谢sob老师

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-10 11:07

sobereva 发表于 2020-10-10 03:48
不用管这note
你的mdp里没用define = -DDISRES，拓扑文件里的距离限制字段根本不生效

sob老师，我在mdp文件中添加了define之后运行，出现这种fatal error，尝试解决，但还是出错，请问遇到这种情况该如何处理呢？

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-12 22:41

琦锅锅发表于 2020-10-10 11:07
sob老师，我在mdp文件中添加了define之后运行，出现这种fatal error，尝试解决，但还是出错，请问遇到这 ...

这个问题已解决，可能是系统太小，无法在MPI级别高效运行，应使用-ntmpi 1运行
命令应该是gmx mdrun -deffnm X -ntmpi 1

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