计算化学公社

标题: 多元环的gjf怎么转化成普通的键线式 [打印本页]

作者
Author: zjutwbai 时间: 2015-10-25 18:27
标题: 多元环的gjf怎么转化成普通的键线式
本帖最后由 zjutwbai 于 2015-11-9 09:23 编辑

lz 用gussian算了几个多元环的构象，需要把构象重新用键线式画出来……不然很难看清楚区别……

难道用三视图？——觉得似乎不太像是化学的东西

还有就是用chemdraw自己调……觉得也不是很靠谱？

求教各位是否知悉某些软件或者程序能解决这个问题……或者各位碰到这个问题的时候是怎么解决的？

请以己内酯的构象为例……

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-10-25 20:44
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-10-25 20:47 编辑

GaussView里在原子列表中删掉所有的氢原子（此处未截图这一步）

存成.sdf文件

(, 下载次数 Times of downloads: 37)

ChemDraw打开（需要某个版本以上）

(, 下载次数 Times of downloads: 40)

打开后你会发现你得到了一个立体的ChemDraw图，选中打开的结构，用圈出的工具可以像GaussView里旋转得到的构象至你想要的形态。

由于GaussView里面键级是假的，只是用键长猜的。所以部分键级需要自己调整一下（如本例中的C=O）。

(, 下载次数 Times of downloads: 31)

(, 下载次数 Times of downloads: 52)

最后，你就想要这个级别的构象精度的话，还是去Chem3D里MM2 minimize一下用ChemDraw打开就完了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)