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标题: xtb KMP_STACKSIZE如何设置 [打印本页]

作者
Author: Hanz 时间: 2020-10-7 14:45
标题: xtb KMP_STACKSIZE如何设置
本帖最后由 Hanz 于 2020-10-7 14:50 编辑

   各位老师好！之前在虚拟机上安装了xtb-6.3.1，使用了挺久，一直都没有问题，但是昨天不知道为啥，跑动力学就会出现    “OMP: Warning #181: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined    OMP: Warning #80: KMP_STACKSIZE="200": value too small.
   OMP: Info #107: KMP_STACKSIZE value "16k" will be used.”
      在最后报错 “forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred”，重新安装最新版xtb-6.3.3，还是一样。网上查说是设置环境变量，但是环境变量是按照sob老师给的
“export PATH=$PATH:/sob/xtb/bin
export XTBPATH=/sob/xtb/share/xtb
export OMP_NUM_THREADS=N
export MKL_NUM_THREADS=N
export OMP_STACKSIZE=1000m
ulimit -s unlimited”  之前也都可以正常使用，还请大神指导！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-7 17:32
最近有装其他的软件吗？可能其他软件设置了KMP_STACKSIZE，把OMP_STACKSIZE的设置覆盖掉了。
可以在环境变量里把KMP_STACKSIZE设成和OMP_STACKSIZE一样的值，这时OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined的warning仍然会出现，但其他的问题不会有了，也不影响正常运行

作者
Author: 李泽旭 时间: 2020-10-7 21:05
请问一下，xtb 跑分子动力学准吗，感觉和aimd 跑的差别挺大的，如果用xtb 跑的分子动力学，审稿人会不会质疑

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-7 21:11

李泽旭发表于 2020-10-7 21:05
请问一下，xtb 跑分子动力学准吗，感觉和aimd 跑的差别挺大的，如果用xtb 跑的分子动力学，审稿人会不会质 ...

肯定不如AIMD准，但是基本上肯定比分子力学或者其他半经验方法（AM1，PM3，PM6等）靠谱。
如果对于你的体系，xTB和AIMD有明显差别，那xTB就是不适合用的。当然前提是你的AIMD计算设置合理，比如假如你AIMD没加色散校正，那么可能xTB反倒更靠谱。

作者
Author: 李泽旭 时间: 2020-10-7 21:30

wzkchem5 发表于 2020-10-7 21:11
肯定不如AIMD准，但是基本上肯定比分子力学或者其他半经验方法（AM1，PM3，PM6等）靠谱。
如果对于你的 ...

谢谢师兄！，我跑的xtb的时候本来该吸附的，没有吸附，反而越跑越远，违背化学直觉

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-7 22:12

李泽旭发表于 2020-10-7 21:30
谢谢师兄！，我跑的xtb的时候本来该吸附的，没有吸附，反而越跑越远，违背化学直觉

这个感觉不太应该，xtb虽然有时不太准，但是非共价相互作用应该还挺准的，不至于有该吸附的时候不吸附的情况。建议检查一下输入文件是不是有问题，比如初始速度的设置，或者溶剂模型等

作者
Author: Hanz 时间: 2020-10-7 22:37

wzkchem5 发表于 2020-10-7 17:32
最近有装其他的软件吗？可能其他软件设置了KMP_STACKSIZE，把OMP_STACKSIZE的设置覆盖掉了。
可以在环境变 ...

感谢！确实是因为装别的软件时设置环境变量KMP_STACKSIZE的影响，我把两个量设置成一样的，xtb就可以正常使用了！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-7 23:01

李泽旭发表于 2020-10-7 21:05
请问一下，xtb 跑分子动力学准吗，感觉和aimd 跑的差别挺大的，如果用xtb 跑的分子动力学，审稿人会不会质 ...

准不准看具体体系，具体问题
很多问题在GFN-xTB下跑出来的现象和期望还是比较相符的，当然不可能有恰当选择的DFT跑AIMD准。
诸如在DOI:10.26434/chemrxiv.12148572.v1这篇文章里我就用xtb跑AIMD证明范德华势的意义和价值，还是很能说明问题的。

另外，在DFT跑AIMD之前，也可以先用xtb跑动力学作为试算，先找找感觉

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