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标题: 请教关于ORCA安装的问题 [打印本页]

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-10-7 17:06
标题: 请教关于ORCA安装的问题
本帖最后由 wangzhe 于 2020-10-7 18:41 编辑

各位老师好，最近需要在实验室的计算机上安装ORCA 4.2.1（以及对应的OpenMPI 3.1.4）。本人对Linux系统不是很在行，关于安装的问题想请教一下。
按照sob老师的博文（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）在自己的计算机上成功安装。但是在实验室的计算机的shell是tcsh，适用于bash的：

export PATH=$PATH:/sob/openmpi313/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi313/lib

export PATH=$PATH:/sob/orca410
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/orca410
alias orca='/sob/orca410/orca'

这几条命令在.tcshrc文件中应该怎么使用？
另外，计算机上已经安装了OpenMPI 1.6.5，如果想新旧两个版本共存，应该如何设置？

谢谢各位老师。

作者
Author: abin 时间: 2020-10-7 18:45
set env
Then Google

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-10-7 21:33

abin 发表于 2020-10-7 19:45
set env
Then Google

谢谢我尝试一下

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-10-7 22:00

abin 发表于 2020-10-7 19:45
set env
Then Google

你好，请问是写成这样吗？

setenv PATH /sob/openmpi313/bin:$PATH
setenv LD_LIBRARY_PATH /sob/openmpi313/lib:$LD_LIBRARY_PATH

setenv PATH $PATH:/sob/orca410
setenv LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH:/sob/orca410
alias orca '/sob/orca410/orca'

作者
Author: doublezhang 时间: 2020-10-7 22:12
如果你想两个openmpi共存的话，可以在任务提交脚本里再设置path指向openmpi314

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-10-7 22:53

doublezhang 发表于 2020-10-7 23:12
如果你想两个openmpi共存的话，可以在任务提交脚本里再设置path指向openmpi314

我们实验室的任务提交用bsub -o out -n x "time g16 input.gjf"这个命令，好像不需要脚本。

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-8 12:16

wangzhe 发表于 2020-10-7 22:53
我们实验室的任务提交用bsub -o out -n x "time g16 input.gjf"这个命令，好像不需要脚本。

用一个busb脚本就行了

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-10-8 14:15
感谢各位老师的回复，今天在计算机上安装了ORCA 4.2.1和OpenMPI 3.1.4，但是运行的时候出现了问题。
按照sob老师的博文安装后，运行mpiexec -V能正常输出版本号。单核计算的时候没有问题，能正常计算并输出结果，但是多核计算时出现了下图所示的错误。
请问各位老师这有什么解决方法吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-8 14:20

wangzhe 发表于 2020-10-8 14:15
感谢各位老师的回复，今天在计算机上安装了ORCA 4.2.1和OpenMPI 3.1.4，但是运行的时候出现了问题。
按照s ...

看这个报错提示，似乎是你节点名称hpc_abe03引起的，含有下划线。如果你有root权限可以改节点名称的话，可以试试改一下看看。。没有root权限的话，也可以试试运行
export HOSTNAME=你想要的节点名称
这句命令普通用户也可以执行。看能否骗过ORCA程序

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-10-8 14:28

zjxitcc 发表于 2020-10-8 15:20
看这个报错提示，似乎是你节点名称hpc_abe03引起的，含有下划线。如果你有root权限可以改节点名称的话， ...

谢谢，我试一下。

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-10-12 17:31

wangzhe 发表于 2020-10-8 15:15
感谢各位老师的回复，今天在计算机上安装了ORCA 4.2.1和OpenMPI 3.1.4，但是运行的时候出现了问题。
按照s ...

已解决，更新：尝试了各种方法无法解决，索性删掉了OpenMPI 3.1.4和ORCA 4.2.1（对应OpenMPI3.1.4的版本），重新下载了官网提供的ORCA 4.2.1（对应OpenMPI2.1.6的版本）和OpenMPI 2.1.6，并按照sob老师博文的安装方法安装之后成功解决。

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