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标题: 双原子分子的势能面扫描（小白） [打印本页]

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-25 22:26
标题: 双原子分子的势能面扫描（小白）
$CONTRL RUNTYP=surface COORD=ZMT scftyp=rohf mult=2 $END
$SYSTEM TIMLIM=500 MEMORY=30000000 $END
$BASIS GBASIS=sto ngauss=2 $END
$surf ndisp1=100 disp1=0.01 $end
$DATA
KHe ground state
Cnv 4

K
He 1 r

r=2.0
$END

运行后报错 NO ATOMS TO MOVE IN SURFACE MAPPING 请求大神解释！！
能详细介绍下ivec1和 orig1吗？一直很费解不知道咋用。本人计算K原子和He原子的势能曲线给位有好的方法建议吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-26 00:43
这样写
$surf ivec1(1)=2,1 igrp1=1 orig1=0 ndisp1=100 disp1=0.01 $end

ivec1是包含两个元素的数组，定义对哪两个原子进行扫描。
orig1是被扫描变量的起始值，0代表用输入结构里的数值。
还得定义数组igrp1，必须包含ivec1里的第二个原子。这个数组里定义哪些原子作为刚性片段相对于第一个原子来移动。

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-26 09:03

sobereva 发表于 2015-10-26 00:43
这样写
$surf ivec1(1)=2,1 igrp1=1 orig1=0 ndisp1=100 disp1=0.01 $end

太感谢了！！但是在输出文件里找不到像高斯那样形成几列数值的summary 这要在哪里找呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-26 10:59

sanjin 发表于 2015-10-26 09:03
太感谢了！！但是在输出文件里找不到像高斯那样形成几列数值的summary 这要在哪里找呢？

自行用grep命令从输出文件中提取

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-26 11:02

sobereva 发表于 2015-10-26 10:59
自行用grep命令从输出文件中提取

我用的是windows版本的也能用grep？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-26 11:03

sanjin 发表于 2015-10-26 11:02
我用的是windows版本的也能用grep？

不能。你可以拷到linux下面处理（可以装个虚拟机），或者用ultraedit，也可以批量找出来含有某一字符串的行

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-26 15:18

sobereva 发表于 2015-10-26 11:03
不能。你可以拷到linux下面处理（可以装个虚拟机），或者用ultraedit，也可以批量找出来含有某一字符串的 ...

我用eom-CCSD算激发态势能曲线如何指定其中的某一条呢？比如第一激发态或者第二激发态。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-27 02:34

sanjin 发表于 2015-10-26 15:18
我用eom-CCSD算激发态势能曲线如何指定其中的某一条呢？比如第一激发态或者第二激发态。

你做EOM-CCSD并且同时扫描变量，假设你设了算两个态，那么每个点也就会输出两个态的信息。要提取比如第二个态，就找输出文件中关键性的字符串，比如
THE TOTAL ENERGY OF ROOT 2 IS E(EOM-CCSD)
你用grep专门提取这行就行了。

如果是显示THE EOMCCSD ITERATIONS FOR ROOT NO. 2 HAVE CONVERGED，激发能在下面一行输出，你可以用
grep "THE EOMCCSD ITERATIONS FOR ROOT NO. 2 HAVE CONVERGED" scan.out -A1
把这一行连同下一行都提取出来。

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-27 09:03

sobereva 发表于 2015-10-27 02:34
你做EOM-CCSD并且同时扫描变量，假设你设了算两个态，那么每个点也就会输出两个态的信息。要提取比如第 ...

我只找到了root No。1的能量。但怎么样才能得到更多的激发态呢。查了一下$EOMINP 其中有NSTATE IROOT关键字貌似可以指定激发态但是他们的含义并不懂求指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-27 09:29

sanjin 发表于 2015-10-27 09:03
我只找到了root No。1的能量。但怎么样才能得到更多的激发态呢。查了一下$EOMINP 其中有NSTATE IROOT关键 ...

写NSTATE(1)=2就能算两个了。
如果体系有对称性，需要写一个数组，指定每个不可约表示算几个态。

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-27 10:52

sobereva 发表于 2015-10-27 09:29
写NSTATE(1)=2就能算两个了。
如果体系有对称性，需要写一个数组，指定每个不可约表示算几个态。

异核的二原子分子应该是Cnv n为无穷这该怎么表示？不可约表示与态有什么关系呢？？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-27 11:00

sanjin 发表于 2015-10-27 10:52
异核的二原子分子应该是Cnv n为无穷这该怎么表示？不可约表示与态有什么关系呢？？

手册里有说明
For linear molecules, choose either Cnv or Dnh, and enter NAXIS as 4. Enter atoms as Dnh with NAXIS=2.

每个电子态都有的相应的不可约表示。

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-27 15:57

sobereva 发表于 2015-10-27 11:00
手册里有说明
For linear molecules, choose either Cnv or Dnh, and enter NAXIS as 4. Enter atoms as ...

最后一个问题请问Rb Cs这样的原子与He原子组合计算势能曲线用什么基组比较好？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-28 03:43

sanjin 发表于 2015-10-27 15:57
最后一个问题请问Rb Cs这样的原子与He原子组合计算势能曲线用什么基组比较好？

def2系列就挺好，比如def2-QZVP

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-28 09:34

sobereva 发表于 2015-10-28 03:43
def2系列就挺好，比如def2-QZVP

我在手册里没有找到这个基组我是2013版的64位wingamess。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-28 10:36

sanjin 发表于 2015-10-28 09:34
我在手册里没有找到这个基组我是2013版的64位wingamess。

不是自带的，去EMSL上拷定义

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-28 16:28

sobereva 发表于 2015-10-28 10:36
不是自带的，去EMSL上拷定义

找到了然后粘贴到$DATA里面吗？$basis要输入吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-28 17:57

sanjin 发表于 2015-10-28 16:28
找到了然后粘贴到$DATA里面吗？$basis要输入吗？

看此贴了解怎么自定义基组http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=745

作者
Author: sanjin 时间: 2015-10-28 18:28

sobereva 发表于 2015-10-28 17:57
看此贴了解怎么自定义基组http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=745

太感谢了请问哪里可以找到gamess格式的赝势基组呢？？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-29 02:15

sanjin 发表于 2015-10-28 18:28
太感谢了请问哪里可以找到gamess格式的赝势基组呢？？

EMSL网站上可以选基组输出格式，选GAMESS的就行了

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