计算化学公社

标题: 求助势能面扫描利用虚原子 [打印本页]
作者
Author: 小书童    时间: 2015-10-25 22:30
标题: 求助势能面扫描利用虚原子
利用虚原子建模型，所建模型如图所示，但是我在势能面扫描的时候我想还想利用虚原子来进行键长改变的势能面扫描（27S和虚原子的键长，也就是桥位），可是在内坐标下输入文件中看不到虚原子，也就没有办法利用虚原子进行势能面扫描的操作了。
作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-26 00:17
因为虚原子是后加的，并没有和4C、8C成键。

这种体系用笛卡尔坐标扫描27S就完了。把多环芳烃置于XY平面上，然后把27S的Z坐标作为变量来扫描其数值。
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-10-26 02:30
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-10-26 11:15 编辑


把分子画出来（注意应当是优化过的结构），在双键中间添加一个Dummy Atom（不知道如何翻译，暂且成为傀儡原子）

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删掉桥键原子间的成键

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使两个桥键原子分别和傀儡原子成键

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随便点一个S，把如图的二面角设成90

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把键角设成90，通过两个平面使得S-X键垂直于平面

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使S与傀儡原子成键

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在原子列表中将Z-Matrix的S成键的成键对象改为傀儡原子，可见Bond值变为当前的S-X键键长

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保存即得到下列文件，对B27进行扫描即可

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作者
Author: 小书童    时间: 2015-10-26 08:45
liyuanhe211 发表于 2015-10-26 02:30
把分子画出来（注意应当是优化过的结构），随便点一个Dummy atom（即X，不是Bq，暂且称之为傀儡原子，不 ...

谢谢您详细的解答，我已经按照您的指示做到了!还想在请教一个问题，在苯环最中心添加虚原子X，这该怎么做呢？有什么技巧吗？
作者
Author: 小书童    时间: 2015-10-26 08:46
sobereva 发表于 2015-10-26 00:17
因为虚原子是后加的，并没有和4C、8C成键。

这种体系用笛卡尔坐标扫描27S就完了。把多环芳烃置于XY平面 ...

谢谢SOb老师的解答，我明白如何操作了。还想请教一个问题，就是X和Bq这两个有何区别，什么时候用哪一个呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-26 11:01
小书童 发表于 2015-10-26 08:46
谢谢SOb老师的解答，我明白如何操作了。还想请教一个问题，就是X和Bq这两个有何区别，什么时候用哪一个呢 ...


虚原子 (Dummy atom)，符号为X，除了辅助用于构建结构、作为定位外毫无它用。
鬼原子 (Ghost atom)，符号为Bq，是指某个位置带有基函数，但是又不像原子那样带有电子和核电荷。这对于一些计算任务有特殊用处，比如做Counterpoise校正解决BSSE问题、设定键函数（位于两个原子原子之间区域的基函数）等。Gaussian还有些任务虽然需要利用鬼原子，但此时鬼原子只是起到定位作用而不带有基函数，如计算NICS研究芳香性。
作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-26 11:02
小书童 发表于 2015-10-26 08:45
谢谢您详细的解答，我已经按照您的指示做到了!还想在请教一个问题，在苯环最中心添加虚原子X，这该怎么做 ...

先选中环上的原子，然后
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作者
Author: 小书童    时间: 2015-10-26 11:05
sobereva 发表于 2015-10-26 11:02
先选中环上的原子，然后

太感谢老师了，总是帮我解决问题！
作者
Author: 小书童    时间: 2015-10-26 11:05
sobereva 发表于 2015-10-26 11:01
虚原子 (Dummy atom)，符号为X，除了辅助用于构建结构、作为定位外毫无它用。
鬼原子 (Ghost atom)， ...

谢谢老师，我记下了！
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-10-26 11:08
小书童 发表于 2015-10-26 08:45
谢谢您详细的解答，我已经按照您的指示做到了!还想在请教一个问题，在苯环最中心添加虚原子X，这该怎么做 ...

选中苯环那几个原子，右键，有个选项（突然想到在键的中间加虚原子也可以这么干(-_-)）
作者
Author: 小书童    时间: 2015-10-26 11:16
liyuanhe211 发表于 2015-10-26 11:08
选中苯环那几个原子，右键，有个选项（突然想到在键的中间加虚原子也可以这么干(-_-)）

哦哦。谢谢您的指点！又让我长知识了！
作者
Author: 1215052330    时间: 2017-3-14 22:36
请问我用虚原子定位，通过改变键长的方法进行势能面扫描，即用该贴讲述的方法做，为什么连二苯只有一个苯环动，而另一个苯环不动？恳请各位老师指导，谢谢。
作者
Author: yanmu    时间: 2019-2-16 17:42
sobereva 发表于 2015-10-26 11:02
先选中环上的原子，然后

老师，我的fragment这里是灰色的怎么回事啊
作者
Author: sobereva    时间: 2019-2-16 17:43
yanmu 发表于 2019-2-16 17:42
老师，我的fragment这里是灰色的怎么回事啊

Builder里没选择片段
作者
Author: sobereva    时间: 2023-7-7 10:03
jitou11 发表于 2023-7-6 16:22
借楼问一下
gaussian是否支持对包含虚原子自由度的柔性扫描？
就像附件里的那样，附件的那个会报错，

不支持



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