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标题: 计算苯胺的拉曼增强谱，加一个金原子的谱线变化感觉不对 [打印本页]

作者
Author: ashin 时间: 2020-10-8 20:49
标题: 计算苯胺的拉曼增强谱，加一个金原子的谱线变化感觉不对
各位老师好，我对C H N原子用6-31g++(d,p)，对Au原子用Lanl2DZ赝式基组，对苯胺分子进行opt+freq，用来看苯胺分子和苯胺分子连接1个、3个、4个金原子的拉曼谱线比较。但是做出来发现，连接一个金原子的时候，增强效果比连接3个、4个金原子的效果要好。通过查看论文，应该是连接的配合物越多，增强效果越好。所以我不知道是不是我在连接1个金原子的过程出了什么错。（附上了拉曼谱图和苯胺连接一个金原子的输入文件）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-8 22:49
加不同数目的金原子得到的配合物结构分别是什么样的？电荷分布分别是什么样的？

作者
Author: ashin 时间: 2020-10-8 23:04

wzkchem5 发表于 2020-10-8 22:49
加不同数目的金原子得到的配合物结构分别是什么样的？电荷分布分别是什么样的？

分子结构优化完就都一样，看不出有什么区别

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-9 09:08

ashin 发表于 2020-10-8 23:04
分子结构优化完就都一样，看不出有什么区别

你想算表面增强拉曼？那样的话得至少一个面的Au，<=4个Au说明不了问题

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 09:38
跟表面作用影响振动的计算用高斯很难实现，可以参考J. Phys. Chem. C 2018, 122, 24068，跑AIMD然后分析

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-9 11:33

ashin 发表于 2020-10-8 23:04
分子结构优化完就都一样，看不出有什么区别

我怀疑你没找到最稳定构象，比如4个Au的团簇的最稳定构象不太可能是这种线型的。
结构优化只能得到离你一开始摆的构象最近的构象，不能保证得到最稳定构象，如果构象找错了，结果很可能定性错误。
所以建议先做个构象搜索

作者
Author: ashin 时间: 2020-10-9 11:51

zjxitcc 发表于 2020-10-9 09:08
你想算表面增强拉曼？那样的话得至少一个面的Au，

对，做表面增强。我看到的相似论文都是做的几个金原子，但是他们谱线很正常

作者
Author: ashin 时间: 2020-10-9 11:53

wzkchem5 发表于 2020-10-9 11:33
我怀疑你没找到最稳定构象，比如4个Au的团簇的最稳定构象不太可能是这种线型的。
结构优化只能得到离你 ...

好的，我去重新构造结构看看

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-9 18:03
别盲目效仿一些文章。从基本原理上就知道几个金根本不足以描述金表面特征，而且这种情况下金原子的排列还可能对结果有明显影响。有些文章用那么几个金算SERS纯粹是被以讹传讹，也有的是为了图节约计算时间，但殊不知这样的结果可能都是定性错误的。

起码也应该搭类似这么个模型，才不怕被别人质疑（原理上加弥散函数更好），而且以现在的典型计算条件来说，算这个也不昂贵

(, 下载次数 Times of downloads: 36)

这是用此体系，Multiwfn绘制的普通拉曼和SERS的对比图

(, 下载次数 Times of downloads: 153)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 18:29

sobereva 发表于 2020-10-9 18:03
别盲目效仿一些文章。从基本原理上就知道几个金根本不足以描述金表面特征，而且这种情况下金原子的排列还可 ...

话说cp2k跑AIMD从轨迹能提取拉曼嘛。。。我只知道可以分析红外，原理是似乎是可以的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-10 00:27

喵星大佬发表于 2020-10-9 18:29
话说cp2k跑AIMD从轨迹能提取拉曼嘛。。。我只知道可以分析红外，原理是似乎是可以的。

可以

作者
Author: ashin 时间: 2020-10-10 08:34

sobereva 发表于 2020-10-9 18:03
别盲目效仿一些文章。从基本原理上就知道几个金根本不足以描述金表面特征，而且这种情况下金原子的排列还可 ...

谢谢SOB老师，我重新多加金原子去算一算！

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