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标题: 求助charmm力场非间相互作用计算问题 [打印本页]

作者
Author: yinzi 时间: 2020-10-8 22:48
标题: 求助charmm力场非间相互作用计算问题
体系：多肽在均相混合体系（AB）中，随着溶剂比例的变化，计算多肽(A)和溶剂(B)之间的非键相互作用。已计算了H-bond。
coulombtype=vdwtype=cut-off; rlist=rvdw=rcoulomb=1.2;
思路：由于设置了截断算法，我认为计算短程相互作用即可，所以针对范德华相互作用和库伦相互作用的计算，分别计算了LJ-SR和Coulomb-(SR)。

ΔE(A与B之间的相互作用)=AB-A-B，即简单的加减计算。
这种情况下，想问一下我的计算方式是否正确。请老师指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-9 18:48
应当动力学用PME跑，分析相互作用的时候做rerun的时候再用简单截断，并且此时rcoulomb应当设得较大，毕竟库仑作用随距离衰减很慢。

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