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标题: cof中做计算的方向问题，导师给了方向但不知从哪里学起 [打印本页]

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Author: 卡之菲 时间: 2020-10-9 10:04
标题: cof中做计算的方向问题，导师给了方向但不知从哪里学起
各位老师好，我是一名研一新生，导师给了我一个方向是cof方面，希望我能做计算研究机理。但我对这个方向并不了解，文献上看的也是不得要领。希望能有大佬能不吝赐教，跟我说一下这方向的具体内容，包括从哪里学比较好，我目前自己找的是ms，这个可以做cof的建模并用xrd模拟找到所做样品的数据结构，但不知这个用来发论文是否足够，希望有大佬多多指教。我导师目前做的就是cof新材料，我可能就是做其中的计算，大方向就是这个

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 10:50
本帖最后由喵星大佬于 2020-10-9 11:03 编辑

周期性结构，推荐学习QE，VASP或者CASTEP，如果想研究相关的动态过程，可以通过AIMD研究，建议学习cp2k。
其中QE和cp2k都是开源免费的，CASTEP需要去申请学术许可，VASP价格不便宜。
上手难度的话CASTEP如果是用的MS里的，很容易但是很贵，功能比较有限，单独的CASTEP没用过。QE和VASP难度差不多，QE功能更多更新，同样的计算可能比vasp速度稍慢，但是开源免费，VASP的输入文件倒不难写，就是每次要搞好几个文件有点烦人，初级的功能用这两个都行，可以根据买没买来选，当然其实这两个玩意也有包括AIMD在内的各种高级功能，用起来相对也不算太难。cp2k基本是地狱级入门难度，随便一个输入文件要写几十上百行，但是在动态性质方面又优势巨大，建议进阶使用，其定位和QE/VASP/CASTEP基本互补。
MS的界面建模还可以，不过价格很贵，用cp2k可以用Avogadro帮忙，QE和VASP可以用VESTA，QE还有个BURAI很不错，后面几个都是免费的

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Author: 卡之菲 时间: 2020-10-9 11:09

喵星大佬发表于 2020-10-9 10:50
周期性结构，推荐学习QE，VASP或者CASTEP，如果想研究相关的动态过程，可以通过AIMD研究，建议学习cp2k。
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我目前看的文献在cof上用ms比较多一点，因为ms的reflax能够模拟xrd图谱，这是和论文相关的，您这里提到了catep模块我查了一下跟材料也挺相关，但不知道论文中是如何应用的。我希望能先学一个容易入门并能发论文的，得到老师认可后再学点深入的比较合适，而具体的话最好能模拟性能或者探究机理，不知您能否有一个推荐

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 11:13
本帖最后由喵星大佬于 2020-10-9 11:16 编辑

卡之菲发表于 2020-10-9 11:09
我目前看的文献在cof上用ms比较多一点，因为ms的reflax能够模拟xrd图谱，这是和论文相关的，您这里提到了 ...

MS是一个软件包，里面包含了各个模块用来做不同的计算
CASTEP是其中的模块，周期性的DFT计算主要就是用CASTEP模块和DMol3模块，当然这里面还包括做传统力场的Forcite模块，做反应力场的GLUP模块等等。类似的，VASP也有付费的整合图形界面MedeA，里面还整合了Lammps等等
CASTEP也是可以单独用的，但是说实话就是MS里面的CASTEP模块相对于QE和VASP，无论是使用难度还是计算速度，功能丰富程度都没啥优势

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-9 11:26

喵星大佬发表于 2020-10-9 11:13
MS是一个软件包，里面包含了各个模块用来做不同的计算
CASTEP是其中的模块，周期性的DFT计算主要就是用C ...

毕竟时间有限一段时间只能学习一种，按照您所说的可能ms更丰富一点，对于综合学习的新手可能更友好一点。ms所做的建模等工作只要是做了新材料就能模拟结构等各种性能，是否对于发论文会成为万金油一类的好帮手，只是这些模块购买是不是非常昂贵，网上的破解版能否用于发论文？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 11:31
本帖最后由喵星大佬于 2020-10-9 11:34 编辑

卡之菲发表于 2020-10-9 11:26
毕竟时间有限一段时间只能学习一种，按照您所说的可能ms更丰富一点，对于综合学习的新手可能更友好一点。 ...

很明显不能，用MS发文章必须要买的，而MS的价格简直如同抢劫。
也不是MS的功能多，里面不同的功能是通过不同的模块做的，不同模块用法当然也不一样，需要分别学，MS只是整合的图形界面，价格也是跟买的模块有关的，但是总的来说就是非常贵。

所以说对于cof相关的研究，学会QE可以处理绝大部分问题，能熟练使用cp2k就更容易发好文章，而这两个都是免费的

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-9 11:45

喵星大佬发表于 2020-10-9 11:31
很明显不能，用MS发文章必须要买的，而MS的价格简直如同抢劫。
也不是MS的功能多，里面不同的功能是通过 ...

好的，您能说一下qe的全称吗，我先了解一下这个软件及其作用，既然与cof相关又能发文章，那我后续对这个再好好研究下

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 11:54

卡之菲发表于 2020-10-9 11:45
好的，您能说一下qe的全称吗，我先了解一下这个软件及其作用，既然与cof相关又能发文章，那我后续对这个 ...

Quantum ESPRESSO，可以看这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-18600-1-1.html

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-9 12:10

喵星大佬发表于 2020-10-9 11:54
Quantum ESPRESSO，可以看这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-18600-1-1.html

十分感谢，请问对于我这种新手来说如何入门比较好，sob这里有相关的培训班嘛，网上教程不多我担心会学而不精导致浪费时间，

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 12:47

卡之菲发表于 2020-10-9 12:10
十分感谢，请问对于我这种新手来说如何入门比较好，sob这里有相关的培训班嘛，网上教程不多我担心会学而 ...

sob老师明年初应该会有相关培训，其他的话B站搜搜应该有

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-9 13:00

喵星大佬发表于 2020-10-9 12:47
sob老师明年初应该会有相关培训，其他的话B站搜搜应该有

我找了一下b站只有零星小视频和英文长视频，对新手很不友好，闲鱼淘宝上也只有安装服务没有教程，目前只看到材料人app上有系统的一点点，收费不高，我留意一下sob老师的培训吧。然后有推荐的理论书目吗，目前找了一本结构化学，感觉这个跟理论基础关系蛮大的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 13:21

卡之菲发表于 2020-10-9 13:00
我找了一下b站只有零星小视频和英文长视频，对新手很不友好，闲鱼淘宝上也只有安装服务没有教程，目前只 ...

密度泛函理论，论坛第一性原理区资源分享里就有，入门这个书足够了，还可以看里面VASP的资料，QE和VASP的原理基本是通的，除了一些vasp没有的功能(初级阶段你也用不到)，剩下的看QE官方的手册和教程基本够入门了

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-9 13:27

喵星大佬发表于 2020-10-9 13:21
密度泛函理论，论坛第一性原理区资源分享里就有，入门这个书足够了，还可以看里面VASP的资料，QE和VASP的 ...

好的，再次感谢您的指导

作者
Author: LINE 时间: 2020-10-10 07:22
我在实验课题组也做些COF模拟和合成，你可以先看袁大强老师的视频入个门。COF实验加计算的文章大部分MS就能完成，从结构模拟到DOS HOMO LUMO GCMC
第一性原理一般用用VASP算DOS那些不过很少。不知道你是实验课题组还是计算课题组，实验课题组的话建议还是不要碰这些了，就被老板挑出来坑的。

不过不管是做实验还是计算课题组，COF结构模拟都是需要掌握的这块已经完全够你吃上一壶了

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-10 10:15

LINE 发表于 2020-10-10 07:22
我在实验课题组也做些COF模拟和合成，你可以先看袁大强老师的视频入个门。COF实验加计算的文章大部分MS就能 ...

我昨天研究了一下发现建模ms还是绕不开，现在我主要想着做的就是对材料进行结构模拟，毕竟老师们也不会我做纯计算难度太大，所以主要就是能充实论文就行，ms我目前就看到能够和xrd联用，然后分析结构原子的位置，我不确定这种程度能否发论文。希望您能指点一下，我大概学到什么程度，做哪些方面的工作比较合适？我就想充实论文

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-10 10:16

LINE 发表于 2020-10-10 07:22
我在实验课题组也做些COF模拟和合成，你可以先看袁大强老师的视频入个门。COF实验加计算的文章大部分MS就能 ...

然后具体是做哪方面的计算？

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-10 10:22

LINE 发表于 2020-10-10 07:22
我在实验课题组也做些COF模拟和合成，你可以先看袁大强老师的视频入个门。COF实验加计算的文章大部分MS就能 ...

我目前等级无法好友聊天，您方便的话发一下您联系方式，微信qq都行

作者
Author: LINE 时间: 2020-10-10 10:39
本帖最后由 LINE 于 2020-10-10 10:50 编辑

卡之菲发表于 2020-10-10 10:15
我昨天研究了一下发现建模ms还是绕不开，现在我主要想着做的就是对材料进行结构模拟，毕竟老师们也不会我 ...

只做一点的话
粉末衍射学会了，晶体学、结构化学的知识学点  总不能像很多做只实验的连空间群都看不懂吧？最无语的就是别人问啊我这为什么建出来是P6的？不是P6/m （这种人根本连P6是什么意思都不懂，就照猫画虎瞎画画）

RCSR 会用 Visualizer用熟练了 TOPOS分析
MS Reflex 模块 Forcite DFTB+(不是很必要)
基本上大部分都能建模了  这就够了
你非要在实验课题组深入学别的就是坑。。。准备像我一样转行吧

作者
Author: LINE 时间: 2020-10-10 10:53

卡之菲发表于 2020-10-10 10:15
我昨天研究了一下发现建模ms还是绕不开，现在我主要想着做的就是对材料进行结构模拟，毕竟老师们也不会我 ...

自己琢磨琢磨不难，最近网上有人卖视频课画个AA AB 精个修就1500 实在离谱
这行就是做的人太少简单模拟模拟没那么难

作者
Author: LINE 时间: 2020-10-10 10:55

卡之菲发表于 2020-10-10 10:15
我昨天研究了一下发现建模ms还是绕不开，现在我主要想着做的就是对材料进行结构模拟，毕竟老师们也不会我 ...

（据说连江东林对结构模拟这块也完全不懂）

作者
Author: MilkTeaLegend 时间: 2020-10-10 11:04
COF 现在第一性原理计算还是算不动主要还是MD 材料的话 lammps用的比较多

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-10 11:31

MilkTeaLegend 发表于 2020-10-10 11:04
COF 现在第一性原理计算还是算不动主要还是MD 材料的话 lammps用的比较多

应该还是具体看要算什么，毕竟现在的计算能力几百原子AIMD跑个几十ns都是干的出来的

作者
Author: MilkTeaLegend 时间: 2020-10-10 12:05

喵星大佬发表于 2020-10-10 11:31
应该还是具体看要算什么，毕竟现在的计算能力几百原子AIMD跑个几十ns都是干的出来的

大佬做过COF 方面的计算吗求交流指导

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-10 12:26

MilkTeaLegend 发表于 2020-10-10 12:05
大佬做过COF 方面的计算吗求交流指导

没，我基本就做小分子，第一性的东西就随便玩玩的

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-10 13:50

LINE 发表于 2020-10-10 10:55
（据说连江东林对结构模拟这块也完全不懂）

能留个联系方式吗，回帖有限制，希望您指点一下

作者
Author: LINE 时间: 2020-10-10 15:45

卡之菲发表于 2020-10-10 13:50
能留个联系方式吗，回帖有限制，希望您指点一下

没必要，
前期的大方向和你说了，我自己也是自己摸索的。
老板的话不可全信，说起来好听做起来困难（按我老板的话就是，不能当猴子别人叫你做啥就做啥）
不知道你是哪个课题组的，但是还是浅尝辄止就好画个常见的二维三维倒是可以学学

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-10 15:52

LINE 发表于 2020-10-10 15:45
没必要，
前期的大方向和你说了，我自己也是自己摸索的。
老板的话不可全信，说起来好听做起来困难（ ...

就是先建立模型然后用reflex模块分析对照实验数据接着优化然后再reflex 分析直到得到和实验数据差不多，达到这种程度发好论文够了嘛，我也不想深入，这个一投入就是一辈子了，纯计算也不好找工作，我就想着弄论文就行

作者
Author: LINE 时间: 2020-10-10 16:07

卡之菲发表于 2020-10-10 15:52
就是先建立模型然后用reflex模块分析对照实验数据接着优化然后再reflex 分析直到得到和实验数据 ...

是的

作者
Author: 卡之菲 时间: 2020-10-10 16:15

LINE 发表于 2020-10-10 16:07
是的

好的，十分感谢您的指导

作者
Author: 青丘世家涂山 时间: 2022-1-14 16:19

LINE 发表于 2020-10-10 07:22
我在实验课题组也做些COF模拟和合成，你可以先看袁大强老师的视频入个门。COF实验加计算的文章大部分MS就能 ...

想问一下袁大强老师的视频去哪里看

作者
Author: wwy000416 时间: 2025-3-10 14:23
你好楼主，我最近也想搞cof方面的计算，但不知道从哪里入手，请问有没有文献可以推荐一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-10 23:00

wwy000416 发表于 2025-3-10 14:23
你好楼主，我最近也想搞cof方面的计算，但不知道从哪里入手，请问有没有文献可以推荐一下。

通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）学过一遍就全会了，里面直接都给了计算COF的例子。CP2K是算COF这样大晶胞体系的最佳选择，速度又快功能又全用户又多又免费。下文涉及的COF的计算也都是CP2K做的
使用Multiwfn考察周期性体系的芳香性
http://sobereva.com/722（http://bbs.keinsci.com/thread-47527-1-1.html）
谈谈pi-pi相互作用
http://sobereva.com/737（http://bbs.keinsci.com/thread-51636-1-1.html）

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