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标题: 运行时出现“Command 'cp2k.popt' not found“该怎么解决呢 [打印本页]

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-10-9 10:43
标题: 运行时出现“Command 'cp2k.popt' not found“该怎么解决呢

用GCC7.5.0和inel PSXE2020在ubuntu18.04系统下成功编译了cp2k7.1，test成功。重新启动电脑准备正式计算，为什么出现“Command'cp2k.popt' not found, but can be installed with: sudo apt install cp2k”的提示呢？难道还需要设置环境变量？

用cp2k.popt –version指令能看到如下提示：

CP2K version 7.1

Source code revision git:e635599

cp2kflags: libint fftw3 libxc pexsi elpaparallel mpi3 scalapack quip xsmm plumed2 spglib

compiler: GCC version 7.5.0

compiler options:

-cpp -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.0.1/inc

lude-I /opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.163/linux/mkl/incl

ude -I/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.163/linux/mkl/inclu

de/fftw -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/inc

lude -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/SpFFT-0.9.8/inclu

de -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-

lmax-5/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libxc-4

.3.4/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libxsmm-1

.14/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/elpa-2019.

05.001/include/elpa-2019.05.001/modules -I/home/wlc/cp2k-7.1/tools/

toolchain/install/elpa-2019.05.001/include/elpa-2019.05.001/elpa -I

/home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/scotch-6.0.0/include-I /

home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/parmetis-4.0.3/include-I

/home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/superlu_dist-5.1.2/includ

e -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/pexsi-0.10.2/include

-I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/quip-cc83ceea5776c40f

cb5ab224a25ab04d62175449/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolcha

in/install/gsl-2.5/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/ins

tall/spglib-1.12.2/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/ins

tall/hdf5-1.10.4/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/src/start/-I /home/t

xj/cp2k-7.1/obj/local/popt/exts/dbcsr -I/home/wlc/cp2k-7.1/tools/to

olchain/install/openmpi-4.0.1/include -I/home/wlc/cp2k-7.1/tools/to

olchain/install/openmpi-4.0.1/lib-imultiarch x86_64-linux-gnu -D_RE

ENTRANT -D __LIBXSMM -D __parallel -D__SCALAPACK -D __FFTW3 -D __LI

BINT -D __LIBXC -D __ELPA -D __LIBPEXSI -D__QUIP -D __PLUMED2 -D __

SPGLIB -D __COMPILE_ARCH="local"-D __COMPILE_DATE="2020年 10月 08

日星期四 13:39:54 CST" -D __COMPILE_HOST="wlc" -D__COMPILE_REV

ISION="git:e635599" -D__DATA_DIR="/home/wlc/cp2k-7.1/data" -D __SHO

RT_FILE__="start/cp2k.F" -march=broadwell-mmmx -mno-3dnow -msse -ms

se2 -msse3 -mssse3 -mno-sse4a -mcx16 -msahf-mmovbe -mno-aes -mno-sh

a -mpclmul -mpopcnt -mabm -mno-lwp -mfma-mno-fma4 -mno-xop -mbmi -m

no-sgx -mbmi2 -mno-tbm -mavx -mavx2 -msse4.2-msse4.1 -mlzcnt -mno-r

tm -mno-hle -mrdrnd -mf16c -mfsgsbase-mrdseed -mprfchw -madx -mfxsr

-mxsave -mxsaveopt -mno-avx512f-mno-avx512er -mno-avx512cd -mno-av

x512pf -mno-prefetchwt1 -mclflushopt-mxsavec -mxsaves -mno-avx512dq

-mno-avx512bw -mno-avx512vl -mno-avx512ifma-mno-avx512vbmi -mno-av

x5124fmaps -mno-avx5124vnniw -mno-clwb-mno-mwaitx -mno-clzero -mno-

pku -mno-rdpid --param l1-cache-size=32--param l1-cache-line-size=6

4 --param l2-cache-size=6144 -mtune=generic-m64 -g -O3 -Werror=alia

sing -Werror=ampersand-Werror=c-binding-type -Werror=intrinsic-shad

ow -Werror=intrinsics-std-Werror=line-truncation -Werror=tabs -Werr

or=target-lifetime -Werror=underflow-Werror=unused-but-set-variable

-Werror=unused-variable -Werror=unused-dummy-argument-Werror=conve

rsion -Werror=zerotrip -Werror=uninitialized-Wno-maybe-uninitialize

d -Wuse-without-only -std=f2008-fno-omit-frame-pointer -funroll-loo

ps -ffree-form-fimplicit-none

运行一遍“source/home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/setup”再提交作业，提示相同错误。

以前用6.1版的没用修改环境变量啊。

从google上查了，没找到解决办法。

请高手指点。谢谢。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-9 10:55
本帖最后由喵星大佬于 2020-10-9 10:57 编辑

Command'cp2k.popt' not found的原因是你没把可执行文件路劲加入环境变量。

把export PATH=$PATH:/home/wlc/cp2k-7.1/exe/local和你的mpi路劲加入.bashrc然后重新进入终端
source /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/setup是编译的时候提供需要的库的路经的，跟你运行不相关，而且你的source后面每空格

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-10-9 11:26
本帖最后由 wanlichuan 于 2020-10-9 11:28 编辑

的确如此，这样就好了。非常感谢。

那个source是在编译的时候用的，这次发帖忘了加空格。谢谢指出。

作者
Author: han- 时间: 2022-11-30 15:12

喵星大佬发表于 2020-10-9 10:55
Command'cp2k.popt' not found的原因是你没把可执行文件路劲加入环境变量。

把export PATH=$PATH:/home/ ...

老师我安装之后没有.bashrc文件是安装出错吗？

作者
Author: ilovelr 时间: 2022-12-1 20:10

han- 发表于 2022-11-30 15:12
老师我安装之后没有.bashrc文件是安装出错吗？

.bashrc在系统用户路径下，不是软件的。比如ubuntu在~/.bashrc

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