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标题: 请问，frames的选择以及形态选择 [打印本页]

作者
Author: 一只耳 时间: 2015-10-26 09:30
标题: 请问，frames的选择以及形态选择
首先感谢各位能看这个帖子。请教以下问题，如能解答，万分感谢。
使用MS，建盒子，frames的数量有什么意义？如何选择？

算出来的Frames，有的符合需要，有的不符合需要？根据什么来选择需要的数据？是根据能量分布，选择最稳定的吗？
cell需要优化吗？一旦优化，尺寸会变化，这个对计算没有影响吧？
想说明两个基团之间有相互作用，想根据距离确定，如何选择？
新手小白问题，拜托了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-26 13:01
你说的frames具体是指哪个选项？我想不起来，模拟时的帧数么？
算的什么体系？

作者
Author: 一只耳 时间: 2015-10-26 14:13

sobereva 发表于 2015-10-26 13:01
你说的frames具体是指哪个选项？我想不起来，模拟时的帧数么？
算的什么体系？

就是建盒子output的那个frames，应该是您说的帧数
我想问一下，选择1000帧，和100帧相比，有区别吗？是说越大越好吗？
从中如何选择我想要的frames呢？
我做的是2种高分子吸附的体系。
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-26 15:37
最好能截个图，我看到底是哪个frame

作者
Author: 一只耳 时间: 2015-10-27 09:28
本帖最后由一只耳于 2015-10-27 09:32 编辑

sobereva 发表于 2015-10-26 15:37
最好能截个图，我看到底是哪个frame

手机照的，不清楚，请多见谅

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-27 11:10
AC模块用的是蒙特卡罗方法建体系，同样设定下每次建立的结构不一样。frames设为几，就建立几次，因此可以一下子得到一批可能的体系结构。比如你一次可以建立50个，从中挑出来你觉得结构最好的那个。如果体系比较好建，设1就够了，一次就能建出个合理的。

能量是标准之一，也应当同时结合结构来考察合理性以及是否是自己想要的。但也没必要对此太敏感，毕竟之后比如做动力学的时候结构还会自发地变动，这里只是粗略提供个初始结构而已。

至于cell优化，如果不优化得到的结构也合理就没必要管它。

至于考察相互作用，是另一回事，等建完盒子，做优化再说。

作者
Author: 一只耳 时间: 2015-10-27 12:26

sobereva 发表于 2015-10-27 11:10
AC模块用的是蒙特卡罗方法建体系，同样设定下每次建立的结构不一样。frames设为几，就建立几次，因此可以一 ...

感谢您的解答。
我先是AC建了盒子，之后用Forcite进行了geomety optimization优化，选了一个认为不错的构形。
接下来好像是需要不断退火Anneal优化，优化到分子结构没有变化。
请问如何设置为不断退火？
退火温度有什么要求吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-27 13:03
退火其实不算是优化。
退火是从低温升到高温，再降温回低温的过程，这样往往能找到全局最小结构（或其近似结构）。
但实际情况中，一次退火达不到目的，找到全局能量最小结构的几率小，因此可做多次退火cycle，即多次升温-降温的过程。并不是随着反复升温-降温，每次到了低温时的结构就会逐渐收敛，而是应当从反复多次的退火过程中取出能量最低的结构。

不知道不断退火是指什么意思。

一般分子，退火温度默认就行。具体是否合适，还是得根据实际体系，看看退火过程的轨迹判断。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-28 00:28

一只耳发表于 2015-10-27 12:26
感谢您的解答。
我先是AC建了盒子，之后用Forcite进行了geomety optimization优化，选了一个认为不错的 ...

原理上应该是为了消除局部应力。比如两个长链分子缠绕在一块，这种结构也许是势能面上局部驻点，分子的热运动不足以使之越过邻近的能垒并使之达到势能面上更低的区域，这样两个长链分子有些难舍难分。升温后构型就足以到势能面较高的点，热运动足以使得两个分子分开，然后再优化，构型就会朝着势能面更低处移动，然后就能够得到能量更低的结构。也就意味着，原则上来说，退火的温度足够使得分子的构型能够从驻点越过势垒就可以了，实际温度设定的时候应该如sob前辈说的那样，看轨迹来判断就行了。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-28 00:30
本帖最后由卡开发发于 2015-10-28 00:32 编辑

sobereva 发表于 2015-10-27 13:03
退火其实不算是优化。
退火是从低温升到高温，再降温回低温的过程，这样往往能找到全局最小结构（或其近似 ...

请问前辈，如果一开始将盒子建立的大一些（密度很小），然后再通过NPT慢慢平衡，不知道这样的方法是否能够起到相同效果？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-28 03:58

卡开发发发表于 2015-10-28 00:30
请问前辈，如果一开始将盒子建立的大一些（密度很小），然后再通过NPT慢慢平衡，不知道这样的方法是否能 ...

或许有一定效果，但应该不如退火效果理想，原理也没退火那么清楚。

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