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标题: 拟合二面角参数时，二面角参数置零时扫出的势能线与DFT扫的势能线相差很大 [打印本页]

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-10-9 22:37
标题: 拟合二面角参数时，二面角参数置零时扫出的势能线与DFT扫的势能线相差很大
我在拟合一个二面角时，二面角参数置零时扫出的势能线与DFT扫的势能线相差很大，DFT减去MM的曲线很难拟合，想请教我是哪里出了问题，我该如何拟合二面角。

拟合的具体操作步骤：
1. 利用sob老师的gentor子程序产生该二面角的刚性扫描的结构，再用xyz2QC转化成Gaussian输入文件，进行刚性扫描。采用泛函基组b3lyp/6-311G(d,p)
2. 将每个扫描的结构保存为pdb文件，并用acpype产生该分子的top文件，并且用Multiwfn拟合好resp电荷放到该top文件中。将需要扫的那个二面角参数都设为0，扫描每个pdb结构文件的MM能量。命令为：gmx_d mdrun -s MM_fit.tpr -rerun 1.pdb -e 1.edr
3. 将MM能量减去180度的能量（以180度为基点），将DFT能量也减去180度的能量并且将Hartree能量换算成kJ/mol（1Hartree=2625.5kJ/mol）,两者相减进行拟合。

但是扫描的MM能量与DFT扫的势能线相差很大，很难拟合出来。

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-10-13 17:42
后来我又试了一下柔性扫描，结果还是有问题，
我的操作步骤如下：
1. 采用柔性扫描，关键词为#p opt=modredundant b3lyp/6-311g(d,p)
2. 用acpype产生GAFF力场top文件，用RESP电荷，将该二面角参数换成0，扫描DFT中的每个结构的MM能量
3.选择180度为零点，用DFT能量减去MM能量，对得到的曲线进行拟合
4. 将拟合的参数带进去，重新扫描MM能量

结果发现DFT结果和MM结果不一致，我也用同样的方法拟合另一个二面角，另一个就没啥问题。很奇怪，不知道哪里有问题。

作者
Author: ulosggs 时间: 2020-10-13 19:08
DFT和MM都各自做柔性扫描。DFT的稳定构想和MM的稳定构想可能会有少许差别。你这张图中30度处的构象看起来有点问题。
再然后即便拟合不上也很正常。二面角势能面和1-4非键作用耦合很强。
要是都能拟合上，每年也不会有那么多的文章来改进已有力场的二面角参数了。

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-10-13 19:12

ulosggs 发表于 2020-10-13 19:08
DFT和MM都各自做柔性扫描。DFT的稳定构想和MM的稳定构想可能会有少许差别。你这张图中30度处的构象看起来有 ...

MM做柔性扫描是MM对每个结构能量最小化吗？

作者
Author: ulosggs 时间: 2020-10-14 21:00

破晓时的曙光发表于 2020-10-13 19:12
MM做柔性扫描是MM对每个结构能量最小化吗？

固定二面角能量最小化

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