计算化学公社

标题: 进行完真空的动力学模拟后，为什么聚合物链沿轴的方向发生改变？ [打印本页]

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-10 11:14
标题: 进行完真空的动力学模拟后，为什么聚合物链沿轴的方向发生改变？
建立的聚合物的模型聚合度的方向是沿z轴的，但是进行真空下的npt动力学模拟后，聚合度的方向沿z轴变成了x轴，请问初始状态聚合物链的轴向有特定的要求吗？

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作者
Author: xiaowu759    时间: 2020-10-10 12:10
你确定真空下进行了NPT？

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2020-10-10 14:45
因为热浴会给分子的速度引入旋转的分量，所以聚合物可以旋转。
这个丝毫不影响。如果因为某种原因你之后的分析必须让聚合物链的方向是z方向，那你整体旋转一下就行了。

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-10 20:51

xiaowu759 发表于 2020-10-10 12:10
你确定真空下进行了NPT？

是的，没有用溶剂，只有聚合物，这应该是真空吧？

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-10 20:54

wzkchem5 发表于 2020-10-10 14:45
因为热浴会给分子的速度引入旋转的分量，所以聚合物可以旋转。
这个丝毫不影响。如果因为某种原因你之后的 ...

具体的方向的分析我倒没有这个要求，就是不知道为什么沿轴的方向完全发生了变化。有时候在溶剂中的模拟也是，聚合物链本来是沿着z轴，最后变成了x轴，不明白为什么会这样

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作者
Author: sobereva    时间: 2020-10-10 21:25
热运动势必造成自发旋转。哪怕初速度把旋转分量投影掉了，由于模拟过程中受力计算误差累计，照样之后也可能旋转起来

不想出现旋转的话将体系设成消平动转动的组就完了。

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2020-10-11 10:38

努力向上的boy 发表于 2020-10-10 20:51
是的，没有用溶剂，只有聚合物，这应该是真空吧？

关键是真空下压强为0，所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-12 08:51

wzkchem5 发表于 2020-10-11 10:38
关键是真空下压强为0，所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT

是在npt系综下，没有加任何溶剂，只有聚合物的条件下进行的模拟。

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作者
Author: k64_cc    时间: 2020-10-12 09:00

努力向上的boy 发表于 2020-10-12 08:51
是在npt系综下，没有加任何溶剂，只有聚合物的条件下进行的模拟。

你这是纯聚合物相……真空只能NVT或者做noPBC

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-12 10:08

sobereva 发表于 2020-10-10 21:25
热运动势必造成自发旋转。哪怕初速度把旋转分量投影掉了，由于模拟过程中受力计算误差累计，照样之后也可能 ...

谢谢老师，我看有的地方把聚合方向先调成x轴，利用平行x轴后的gro文件在进行模拟计算。有这个必要吗？
请问老师如果消除平动和转动对实验结果有影响吗？

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作者
Author: sobereva    时间: 2020-10-13 06:35

努力向上的boy 发表于 2020-10-12 10:08
谢谢老师，我看有的地方把聚合方向先调成x轴，利用平行x轴后的gro文件在进行模拟计算。有这个必要吗？
...

没必要。除非用的一些分析工具在满足这个条件下用起来比较方便
没不良影响

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-15 15:28

sobereva 发表于 2020-10-13 06:35
没必要。除非用的一些分析工具在满足这个条件下用起来比较方便
没不良影响

谢谢老师

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-15 15:33

k64_cc 发表于 2020-10-12 09:00
你这是纯聚合物相……真空只能NVT或者做noPBC

好的谢谢，我的表述出现了问题，那这种情况下是称为纯聚合物体系吗？剩余的盒子里面怎么描述？

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-15 15:34

wzkchem5 发表于 2020-10-11 10:38
关键是真空下压强为0，所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT

谢谢，那我要是在nvt下进行，模拟真空，mdp怎么设置呢？这个就不能很好的控制压力了吧

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作者
Author: k64_cc    时间: 2020-10-15 16:51

努力向上的boy 发表于 2020-10-15 15:34
谢谢，那我要是在nvt下进行，模拟真空，mdp怎么设置呢？这个就不能很好的控制压力了吧

都真空了哪还有压力问题……你好好想想压力和真空是不是有点矛盾
NPT下面就是聚合物体系呗，你想描述啥？

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2020-10-15 17:13

努力向上的boy 发表于 2020-10-15 15:34
谢谢，那我要是在nvt下进行，模拟真空，mdp怎么设置呢？这个就不能很好的控制压力了吧

取决于你想模拟真空中的体相聚合物还是真空中孤零零漂浮着的一条聚合物链

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-15 18:59

wzkchem5 发表于 2020-10-15 17:13
取决于你想模拟真空中的体相聚合物还是真空中孤零零漂浮着的一条聚合物链

我的是几条链，我想描述他们在这种条件下的构型

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-15 19:04

k64_cc 发表于 2020-10-15 16:51
都真空了哪还有压力问题……你好好想想压力和真空是不是有点矛盾
NPT下面就是聚合物体系呗，你想描述啥 ...

我可以理解为nvt下的单纯的聚合物模拟就是真空模拟吗？npt下的只有聚合物的模拟，是在一定条件下的纯聚合物的模拟？

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2020-10-15 21:17

努力向上的boy 发表于 2020-10-15 18:59
我的是几条链，我想描述他们在这种条件下的构型

我主要想问你的聚合物链在垂直于链长的方向上是密集堆积的还是有显著的空隙的（比如链间距离大于5埃）。这两种情况完全不一样。
另外你有没有用周期性边界条件？

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作者
Author: 努力向上的boy    时间: 2020-10-16 10:00

wzkchem5 发表于 2020-10-15 21:17
我主要想问你的聚合物链在垂直于链长的方向上是密集堆积的还是有显著的空隙的（比如链间距离大于5埃）。 ...

有空隙的，有周期性边界条件

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