计算化学公社

标题: 为什么算出来的rdf不是光滑的曲线，感觉像一根一根的线？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-10-10 12:20
标题: 为什么算出来的rdf不是光滑的曲线，感觉像一根一根的线？
我的体系中含有5片石墨片，一些锂离子（黄色的球）和一些有机小分子，我想统计石墨片周围的锂离子的rdf，为什么算出来的rdf感觉特别丑，不是很光滑的曲线？我选择的是所有石墨片的所有原子来统计的。

作者
Author: diaok 时间: 2020-10-10 12:26
rdf默认的bin太小，统计就只有个别点的数据
-bin 0.01试试

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-10-10 12:54

diaok 发表于 2020-10-10 12:26
rdf默认的bin太小，统计就只有个别点的数据
-bin 0.01试试

加了-bin 0.01之后还是一些竖线。不是那种只有一条连续的曲线

作者
Author: jimulation 时间: 2020-10-10 13:45

邱美佳发表于 2020-10-10 12:54
加了-bin 0.01之后还是一些竖线。不是那种只有一条连续的曲线

取样点太少会导致不平滑，尝试更长轨迹或者保存更多帧试试

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-10 21:27
对于较大分子，统计这种rdf没什么意义，还不如绘制在石墨烯附近Li的空间分布函数等值面

作者
Author: ChunLinX 时间: 2020-10-11 21:00
可以试试多取几个snapshots，如每10ps取一次样

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-10-12 09:10
考虑数据太少、体系太小、bin太窄、受键长等固定距离影响太大等问题。

RDF本身没啥用，先想想拿了这个数据要干嘛再说。

作者
Author: 闪闪金星 时间: 2021-4-21 17:18

sobereva 发表于 2020-10-10 21:27
对于较大分子，统计这种rdf没什么意义，还不如绘制在石墨烯附近Li的空间分布函数等值面

老师您好，我想问一下我用gromacs计算一个6个氨基酸的多肽在脂质环境中的RDF，绿色是表面活性剂。请问为什么同样的方法步骤，橙色的线噪点相对较小较为平滑，而绿色的线波动很大？
这是体系的关系还是可以通过增加命令选项得以解决？
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-21 17:58

闪闪金星发表于 2021-4-21 17:18
老师您好，我想问一下我用gromacs计算一个6个氨基酸的多肽在脂质环境中的RDF，绿色是表面活性剂。请问为 ...

我不清楚你设的参考组和被计算的组是什么
如果被计算的组粒子数较少，采样不足导致不平滑很正常。可以把统计间隔设大点，或者轨迹跑长点

作者
Author: 闪闪金星 时间: 2021-4-21 19:56

sobereva 发表于 2021-4-21 17:58
我不清楚你设的参考组和被计算的组是什么
如果被计算的组粒子数较少，采样不足导致不平滑很正常。可以把 ...

谢谢老师，
参考组和被计算诅都是分子中的一个原子，确实可能由于绿色被计算组粒子数较少。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-3-7 20:50

sobereva 发表于 2020-10-10 21:27
对于较大分子，统计这种rdf没什么意义，还不如绘制在石墨烯附近Li的空间分布函数等值面

空间分布函数等值面，请问老师这个怎么画？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-8 05:13

七尺贱发表于 2024-3-7 20:50
空间分布函数等值面，请问老师这个怎么画？

gmx spatial或VMD的volmap产生空间分布函数的cub文件，在VMD画成等值面

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里专门有一节“用aNCI与空间分布函数方法分析分子间相互作用” 详细讲了

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-3-8 18:37

sobereva 发表于 2024-3-8 05:13
gmx spatial或VMD的volmap产生空间分布函数的cub文件，在VMD画成等值面

北京科音分子动力学与GROMACS ...

谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)